سخنگوی شورای نگهبان در گزارش خود به مردم ابهامات و ایرادات این شورا به طرح ساماندهی کارکنان دستگاه‌ها را تشریح کرد. هادی طحان نظیف سخنگوی شورای نگهبان در نود و سومین گزارش از سلسله گزارش‌های خود به مردم در کانال شخصی‌اش در «بله»، درباره طرح ساماندهی کارکنان دستگاه‌ها توضیحاتی ارایه کرد که متن آن به شرح زیر است: «طرح ساماندهی کارکنان دستگاه‌های موضوع ماده ۲۹ قانون برنامه ششم توسعه»، پس از بررسی در شورای نگهبان واجد ابهامات و ایراداتی شناخته شد.
عمده اشکالات شورا در خصوص مصوبه مذکور ناظر به ابهاماتی بود که برای اظهارنظر نهایی توسط شورای نگهبان، نیاز به رفع آنها از سوی مجلس است. از جمله ابهامات مذکور، مشخص نبودن مقصود مصوبه از عنوان «به‌کارگیری» بود؛ با این توضیح که مشخص نیست عبارت مذکور شامل استخدام‌های رسمی و پیمانی و به‌کارگیری مستقیم و غیرمستقیم نیروی انسانی نیز می‌شود یا خیر. همچنین عنوان «نیروهای شاغل» نیز از این جهت که شامل تمام نیروهایی که در استخدام دستگاه‌ها هستند، می‌شود یا منظور صرفاً نیروهایی است که به شکل غیرمستقیم در دستگاه مشغول هستند؛ ابهام داشت که برای رفع ابهام مورد ایراد واقع شد.
حکم تبصره «۴» نیز به جهت روشن نبودن مقصود تبصره مبهم تشخیص داده شد؛ توضیح آنکه مشخص نبود صرفاً کسانی که به صورت تمام وقت اشتغال داشته‌اند مشمول تبصره هستند یا اینکه سوابق پاره‌وقت نیز به معیار تمام وقت محاسبه می‌شود و تمام شاغلان اعم از تمام وقت و پاره وقت مشمول حکم تبصره قرار دارند. به علاوه قید «مستمر» در ماده واحده و عبارت «خدمت مستمر» در تبصره «۲» نیز به علت عدم وجود تعریف قانونی و فقدان معیار مشخص برای آنها، واجد ابهام تشخیص داده شد.
در این مصوبه الزام دستگاه‌های اجرایی به انعقاد قرارداد کار معین با نیروهای شاغل خود، به داشتن حداقل دوسال سابقه بیمه‌پردازی مشروط شده است. با این حال مصوبه در خصوص حالتی که عدم بیمه‌پردازی به علت قصور پیمانکار باشد، تعیین تکلیف نکرده است؛ لذا برای جلوگیری از تضییع حقوق کارگران این مورد نیز نیازمند رفع ابهام شناخته شد. همچنین شورا رعایت یا عدم رعایت ضوابط مذکور در ماده ۲۴ قانون مدیریت خدمات کشوری در خصوص انعقاد قرارداد کار معین با نیروهای شاغل را نیز نیازمند تصریح دانسته و تبصره «۳» را از این جهت نیز مبهم تشخیص داد.
