در یازدهم مرداد سال 1360 مراسم تنفیذ حکم ریاست‌جمهوری شهید محمدعلی رجایی از سوی حضرت امام‌خمینی(ره)، رهبر انقلاب و بنیانگذار جمهوی اسلامی ایران در حسینیه جماران برگزار شد.
محمدعلی رجایی، پس از گذشت چند ماه از انقلاب، در کابینه بازرگان به سمت وزیر آموزش‌وپرورش منصوب شد. ۲۴ اسفند ۱۳۵۸ انتخابات دوره نخست مجلس شورای اسلامی برگزار شد و محمدعلی رجایی که نامش در لیست ائتلاف بزرگ، لیست مشترک جامعه روحانیت مبارز و حزب جمهوری اسلامی قرار داشت، با کسب یک میلیون و دویست و نه هزار و دوازده رای به‌عنوان نماینده تهران به مجلس اول راه یافت. مجلس شورای اسلامی که اکثریت آن را اعضای حزب جمهوری اسلامی تشکیل می‌داد، نخستین شخصی که بنی‌صدر برای نخست‌وزیری انتخاب کرده بود را نپذیرفت.
سرانجام دو ماه پس از انتخابات مجلس، بنی‌صدر از سر اجبار، رجایی را که مورد تایید او نبود در مرداد ۱۳۵۹ به سمت نخست‌وزیری دولت خویش انتخاب کرد. دولت بنی‌صدر عمر چندانی نداشت، از
۲۰ خرداد ۱۳۶۰ فرآیند بررسی کفایت سیاسی رییس‌جمهور در غیاب وی آغاز شد و تا یک روز به طول انجامید. در این روز مجلس شورای اسلامی با اکثریت ۱۷۷نفر در مقابل ۱۲ رای ممتنع و یک رای مخالف رای بر عدم کفایت بنی‌صدر داد. حکم مجلس یک روز بعد به امضای امام خمینی(ره) رسید. پس از عزل بنی‌صدر، دومین انتخابات ریاست‌جمهوری، در ۲مرداد ۱۳۶۰ برگزار شد و شهید رجایی در رقابت با سیداکبر پرورش، عباس شیبانی و حبیب‌الله عسگراولادی مسلمان موفق شد با کسب
۱۲ میلیون و ۷۷۰ هزار و ۵۰ رای ماخوذه رییس‌جمهوری ایران شود. دومین انتخابات ریاست‌جمهوری، زمینهیی فراهم آورد تا لیاقت، کاردانی و تعهد شهید رجایی پس از آن دوران تلخِ حاکمیت لیبرالیسم بر کشور، بیش از پیش آشکار شود. با اصرار و تاکید جناحهای خط امام و معتقدان به ولایت، شهید رجایی در این انتخابات شرکت کرده و با رای قاطع مردم که نشانه محبوبیت او با وجود دوران محدود نخست‌وزیری‌اش بود، دومین رییس‌جمهوری اسلامی ایران شد. محمدعلی رجایی، محمدجواد باهنر را به‌عنوان‌نخست‌وزیر خود به مجلس معرفی کرده و در دوران کوتاه 29روزه ریاست‌جمهوری خود، تلاش کرد با معرفی کابینه‌یی انقلابی و جوان، مشکلات ناشی از شرایط جنگی، بحرانهای اقتصادی، اشتغال، تورم و... را برطرف کند؛ بیشتر این مشکلات ناشی از آن بود که مسوولان زمان بسیاری را صرف رسیدگی به اختلاف با عملکرد بنی‌صدر می‌کردند. روز ۸ شهریور 1360، او به محل جلسه فوق‌العاده دولت رفت. همان روز صدای انفجار مهیبی از ساختمان نخست‌وزیری برخاست. در این حمله تروریستی محمدعلی رجایی رییس‌جمهوری وقت و محمدجواد باهنر، نخست‌وزیر به شهادت رسیدند.
