شورای نگهبان در تحلیلی که درباره چرایی عدم تایید لایحه «سی‌اف‌تی» منتشر کرده، عدم پذیرش حق تحفظ‌های پیش‌بینی شده در لایحه، بر اساس متن کنوانسیون را یکی از دلایل اصلی رد لایحه عنوان کرده است. به اعتقاد اعضای شورای نگهبان، «اصولاً حق شرط (یا تحفظ) در مواردی استفاده می‌شود که دولتی قصد الحاق به یک معاهده را داراست، اما به علت بعضی ایرادات جزئی در آن معاهده، با استفاده از این موضوع، خود را از شمول بعضی از قسمت‌های معاهده مستثنا می‌سازد. در معاهده CFT نیز برای رفع ایرادات موجود در معاهده، چه در لایحه دولت و چه در مصوبه مجلس، حق شرط‌هایی پیش بینی شده بود تا جلوی تأثیرات منفی آن بخش‌های معاهده گرفته شود. با توجه به اینکه اصل وجود ایراد توسط دولت و مجلس نیز پذیرفته شده و در قالب پیش‌بینی حق شرط‌ها اقداماتی هم برای رفع آن ایرادات انجام گرفته بود، شورای نگهبان بایست حق شرط‌های مندرج در ماده‌واحده را با این نگاه و از این زاویه مورد بررسی قرار می‌داد که آیا این تحفظ‌ها می‌توانند رافع ایرادات موجود در معاهده باشند یا خیر؟»
شورای نگهبان در این تحلیل که خبرگزاری تسنیم آن را منتشر کرده است، آورده: «در بررسی بندهای مندرج در ماده واحده شورای نگهبان در نهایت به این نظر رسیده است که بندهای 2، 3، 4 و 5 ماده واحده نسبت به مواردی که طرف مقابل، شرط را قبول ندارد و یا شرط، خلاف مقتضای کنوانسیون است، رافع ایرادات معاهده نبوده و درنتیجه موازین شرعی و بند 16 اصل 3 قانون اساسی در خصوص تنظیم سیاست خارجی کشور بر اساس معیارهای اسلام، تعهد برادرانه نسبت به همه مسلمانان و حمایت بی‌دریغ از مستضعفان جهان مراعات نشده است.»
در ادامه این نوشته تحلیلی آمده است: «علاوه بر این موارد، از نگاه شورای نگهبان ماده‌واحده مصوب مجلس دارای دو ابهام نیز بوده است که اعلام نظر درباره آنها نیازمند رفع ابهام است. بند 3 ماده‌واحده شیوه حل اختلاف موضوع بند «1» ماده (24) معاهده را در خصوص جمهوری اسلامی ایران، منوط به رعایت اصل 139 قانون اساسی کرده است. در این ماده بیان شده است که اختلافات ناشی از تفسیر یا اجرای این معاهده بین کشورهای عضو که از طریق گفت‌وگو در زمان معقول حل‌وفصل نشود، بنا به درخواست یکی از آنها به داوری ارجاع خواهد شد و در خصوص عدم موافقت در سازمان‌دهی داوری تا 6 ماه، هر یک از طرف‌ها می‌توانند اختلاف را به دیوان بین‌المللی دادگستری ارجاع نمایند.»
همچنین در این نوشته توضیح داده شده است: «در لایحه پیشنهادی دولت به‌صراحت ذکر شده بود که حل اختلاف موضوع این ماده برای ایران لازم‌الرعایه نیست، اما در جریان تصویب در مجلس، این ماده اینگونه اصلاح شد که اجرای این امر منوط به رعایت اصل 139 قانون اساسی است و این در حالی است که اصل 139 قانون اساسی به صلح دعاوی راجع به اموال عمومی و دولتی یا ارجاع آن به داوری پرداخته و در زمینه حل‌وفصل اختلافات غیر مرتبط به اموال عمومی اصلاً واجد حکمی نیست. از این‌رو شورای نگهبان مقرر کرده است که مشخص نیست منظور مصوبه مجلس شمول تحفظ نسبت به دیوان بین‌المللی دادگستری بوده یا موضوع دیگری منظور قانون‌گذار بوده است؛ به همین دلیل اظهارنظر در خصوص این امر به رفع ابهام منوط شده است.»
ابهام دیگر شورای نگهبان درباره این مصوبه، در خصوص عبارت «لیست سیاه» است که در تبصره ماده‌واحده ذکر شده است. در این تبصره مقرر شده است که «دولت صرفاً پس از خارج شدن جمهوری اسلامی ایران از لیست سیاه گروه ویژه اقدام مالی (اف‌ای‌تی‌اف)، می‌تواند سند الحاق را نزد امین اسناد تودیع نماید.» شورای نگهبان اعتقاد دارد: «بررسی ساختار و اجزای گروه ویژه اقدام مالی گویای این است که در فعالیت‌های این گروه لیست سیاهی وجود ندارد که ایران از آن خارج گردد و نمایندگان مجلس شورای اسلامی در تصویب این تبصره، معلوم نیست که تودیع سند الحاق توسط دولت را منوط به خروج از چه لیستی کرده‌اند؟ البته این عبارت در افواه عمومی در خصوص لیست “کشورهایی که باید اقدام متقابل علیه آنها انجام گیرد “ که توسط اف‌ای‌تی‌اف اعلام می‌شود، استفاده می‌شود ولی بدیهی است که متن قانونی کشور نمی‌تواند با چنین تسامحاتی بررسی شود؛ ازاین‌رو اعلام نظر در خصوص این بند نیز منوط به رفع ابهام در مصوبه شده است.»
علاوه بر ایرادات و ابهاماتی که شورای نگهبان در خصوص ماده واحده مصوب مجلس درباره تصویب الحاق ایران به این معاهده داشته است، از نگاه این شورا متن معاهده نیز در موارد متعددی دارای مغایرت با موازین شرعی و قانونی بوده است.
