علاوه بر خطای انسانی، درست عمل نکردن سیستم کنترل خودکار قطار (ATC) و اخطارهای غیرواقعی این سیستم در گذشته نیز از جمله عواملی بود که متصدیان بخش کنترل را نسبت به اخطارهای اعلام شده از سوی این سیستم بی‌اعتماد کرده بود. سیستم کنترل خودکار قطار در اسفند سال ۹۳ با هزینه ۳۷ میلیون یورو و با هدف ارتقای ایمنی و کاهش خطای انسانی توسط «شرکت مهاران» به بهره‌برداری رسید.اما این سیستم از فروردین ماه سال ۹۴ تا زمان وقوع حادثه بالغ بر ۲۰۰۰ بار اعلام خطا کرده بود. از آنجایی که بیشتر اخطارهای اعلام شده از سوی سیستم غیرواقعی بوده، متصدیان مرکز کنترل ترافیک، به اعلام خطاهای پیاپی ATC بی‌توجه بوده‌اند و تصور کرده‌اند که در روز وقوع حادثه نیز به مانند گذشته، ایراد از سیستم بوده و اخطار غیرواقعی اعلام شده است.برخی کارشناسان نیز عدم پیاده‌سازی کامل سیستم اِی تی سی و عدم نصب سیستم بالیس (Balise) و محورشمار در بلاک‌های میانی را از دیگر عوامل این سانحه می‌دانند چرا که سیستم بالیس در بلاک‌های میانی بین دو ایستگاه نصب نشده بود و فقط در بلاک‌های ابتدایی و انتهایی ایستگاه‌ها بالیس وجود داشت. به گفته کارشناسان، در صورت استفاده از
محورشمار -که بخشی از سیستم بالیس است- و محاسبه تعداد واگن‌هایی که از بلاک عبور می‌کردند، این حادثه رخ نمی‌داد؛ چون در این صورت، در سیستم، بلوکی که قطار درآن متوقف شده بود، به صورت «اشغال شده» نشان داده می‌شد. این در حالی است که در کشورهایی که این سیستم به صورت کامل پیاده‌سازی شده، میزان خطای انسانی به صفر رسیده است.
جمعی از لکوموتیورانان نیز با انتشار نامه‌یی سرگشاده، اعلام کردند که پیش از این، نواقص و ایرادات سیستم تازه نصب شده را بارها به اطلاع مسوولان رسانده بودند؛ اما توجهی به آن نشده بود.
