رهبر انقلاب در پی رحلت آیتالله حاج شیخ لطف‌الله صافی گلپایگانی، پیامی صادر کردند.
متن پیام حضرت آیتالله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی بدین شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
با تاسف خبر درگذشت فقیه عالی‌مقام و مرجع بصیر، حضرت آیتالله آقای حاج شیخ لطف‌الله صافی گلپایگانی رضوان‌الله علیه را دریافت کردم. ایشان از استوانه‌های حوزه علمیه قم و از برجستگان علمی و عملی و پر سابقه‌ترین عالم دینی در آن حوزه مبارک بودند. در دوران مرحوم آیتالله بروجردی در شمار برترین تلامذه آن استاد بزرگ، در زمان مرحوم آیتالله سید محمدرضا گلپایگانی همراه و مشاور علمی و عملی ایشان و در دوران انقلاب، امین و مورد اعتماد حضرت امام خمینی رحمتالله علیهم به شمار می‌رفتند. سال‌ها در شورای نگهبان رکن اصلی آن شورا محسوب می‌شدند و پس از آن هم همواره درباره مسائل انقلاب و کشور، دلسوزانه و مسوولانه ورود می‌کردند و بارها اینجانب را از نظرات و مشورت‌های خود مطلع و بهره‌مند می‌ساختند.
قریحه شعری، حافظه تاریخی، پرداختن به مسائل اجتماعی از دیگر ابعاد شخصیت این عالم کهنسال و بزرگوار بود. رحلت ایشان برای جامعه علمی دینی کشور مایه تأسف است. اینجانب به خاندان مکرّم و فرزندان گرامی ایشان و نیز به مراجع معظم و علمای اعلام حوزه علمیه و مقلدان و ارادتمندان ایشان به‌ویژه در قم و گلپایگان تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای ایشان مسألت می‌نمایم.
سیدعلی خامنه‌ای
هیات دولت روز چهارشنبه سیزدهم بهمن ماه ۱۴۰۰ را در سراسر کشور عزای عمومی و در استان قم تعطیل رسمی (عمومی) اعلام کرد. هیات دولت جمهوری اسلامی ایران رحلت شیخ الفقها آیتالله العظمی صافی گلپایگانی طاب‌ثراه را به حضرت بقیه‌الله الاعظم ارواحنا فداه، رهبر معظم انقلاب، مراجع عظام تقلید، حوزه‌های علمیه و مردم شریف ایران تسلیت گفته و به منظور بزرگداشت مقام شامخ مرجعیت، روز چهارشنبه سیزدهم بهمن ماه ۱۴۰۰ را در سراسر کشور عزای عمومی و در استان قم تعطیل رسمی (عمومی) اعلام می‌نماید. همچنین رییس‌جمهور در پیامی به مناسبت درگذشت حضرت آیتالله العظمی صافی گلپایگانی با اشاره به اینکه این مرجع والامقام همزمان با تلاش در پاسداری از ارزش‌های دینی و تربیت شاگردان، در سنگر مبارزات انقلابی نیز حضوری فعال داشت، تصریح کرد: به یقین آثار ماندگار و سلوک معنوی ایشان همواره الهام‌بخش و چراغی فراروی طلاب و فضلاء و حوزه‌های علمیه خواهد بود. آیتالله سید ابراهیم رییسی در پیام تسلیت درگذشت آیتالله صافی گلپایگانی این ضایعه بزرگ را محضر مقدس حضرت بقیه‌الله الاعظم(عج)، مقام معظم رهبری (مدظله العالی)، حوزه‌های علمیه، بیت شریف و عموم مقلدان و شاگردان و دوستداران ایشان تسلیت گفته و از پیشگاه خداوند متعال برای روح مطهر آن عالم وارسته، علوّ درجات و همجواری با ائمه اطهار (ع) را مسألت کرده است.
متن پیام تسلیت رییس‌جمهور به شرح زیر است؛
بسم‌الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
إِذا مات الْعالِمُ ثُلِم فِی الْإِسْلامِ ثُلْمـ［ً لا یسُدُّها شیءٌ.
ارتحال مرجع عالیقدر شیعیان، حضرت آیتالله العظمی صافی گلپایگانی (طاب ثراه)، موجب تأثر و اندوه فراوان گردید. این عالم ربانی که از شاگردان مبرز آیات عظام بروجردی، حجت و گلپایگانی بوده و پس از انقلاب اسلامی عضو مجلس خبرگان اول و مدتی مسوولیت خطیر دبیری شورای نگهبان را بر عهده داشت، با بینش عمیق دینی، زهد و ساده‌زیستی و قلبی سرشار از عشق به اسلام و اهل‌بیت(ع)، به ویژه حضرت ولی‌عصر(عج) عمر گرانمایه خود را وقف مجاهدت در مسیر گسترش معارف اسلامی و نظام اسلامی نمود. این مرجع والامقام همزمان با تلاش در پاسداری از ارزش‌های دینی و تألیف آثار ارزشمند فراوان و تربیت شاگردان، در سنگر مبارزات انقلابی نیز حضوری فعال داشت. به یقین آثار ماندگار و سلوک معنوی ایشان همواره الهام‌بخش و چراغی فراروی طلاب و فضلاء و حوزه‌های علمیه خواهد بود. اینجانب این ضایعه بزرگ را محضر مقدس حضرت بقیه‌الله الاعظم (عج)، مقام معظم رهبری (مدظله العالی)، حوزه‌های علمیه، بیت شریف و عموم مقلدان و شاگردان و دوستداران ایشان تسلیت عرض نموده و از پیشگاه خداوند متعال برای روح مطهر آن عالم وارسته، علوّ درجات و همجواری با ائمه اطهار(ع) مسألت دارم.
همچنین حجت‌الاسلام والمسلمین سید حسن خمینی در پیامی ضمن تسلیت ارتحال آیتالله العظمی صافی گلپایگانی، تاکید کرد: «اعتقاد جازم ایشان به استقلال حوزه‌های علمیه هیچگاه برای ایشان به معنای نفی تأثیرگذاری روحانیت در جامعه و بی‌توجهی به درد‌های مادی و معنوی مردم نبود. و این بزرگوار با جلوس بر مسند فقاهت و مرجعیت به ارشاد حکومت و مردم متعهد بود و احاطه ممتاز ایشان بر اخبار ایران و جهان و اطلاع از اتفاقات مختلف به آن فقید سعید توان شناخت دردها و درمان‌ها را می‌بخشید.» ارتحال فقیه وارسته و عالم بزرگوار مرجع عالیقدر حضرت آیتالله العظمی آقای حاج شیخ لطف‌الله صافی گلپایگانی رحمتالله علیه ثلمه‌ای جبران‌ناپذیر به حوزه‌های علمیه و مصیبتی جانگداز برای جامعه اسلامی است. برای تمام کسانی که با آن بزرگوار آشنایی داشتند آنچه بیش از هر چیز در میان خصوصیات ایشان نمود داشت و احساس می‌شد، باور عمیق به خدا و حقانیت اسلام و مکتب ائمه اطهار علیهم السلام و اعتقاد به وجود مقدس حضرت صاحب الامر (عج) بود.
