قیمت‌ها تخصیص منابع و افزایش درآمدها را به همراه دارند. قیمت‌گذاری حمل ونقل شهری به واسطه تعقیب اهداف چندگانه و تفکیک نهادی زیرساخت‌های جاده‌ای از حوزه بهره‌برداری، قیمت‌گذاری زیرساخت‌ها از مخارج و تفکیک جاده‌ها از سایر روش‌های حمل ونقل، امری پیچیده است.
به دلیل یکپارچگی و پایداری حمل ونقل شهری، کشورهای در حال توسعه باید به سمت قیمت‌هایی حرکت کنند که مبین هزینه‌های اجتماعی تمام روش‌ها باشد. به سمت رویکردی هدفمند شامل یارانه‌ای کردن حمل ونقل که مبین اهداف راهبردی بوده و درصدد یکپارچه‌سازی تأمین مالی حمل ونقل شهری است.
در اغلب بازارها، قیمت‌ها دو وظیفه اصلی برعهده دارند: سهمیه‌بندی و تخصیص منابع میان تولید محصولات مختلف و تأمین مالی تولید. در بخش حمل ونقل، بطور کلی و حمل ونقل شهری بطور خاص، انجام این وظایف مشروط به در نظر گرفتن سه مساله است: الف. تفکیک وظایف زیرساخت‌ها از تأمین خدمات؛ ب. تعقیب اهداف چندگانه، به ویژه درخصوص سیاست‌های حمل ونقل عمومی؛ پ. تفکیک تأمین مالی زیرساخت‌ها از مخارج.
اخذ عوارض استفاده از زیرساخت‌ها
زمانی که حجم ترافیک به سطحی برسد که جریان آمد وشد اتومبیل‌ها و ترافیک بطور قابل توجهی به جامعه آسیب وارد کند، گفته می‌شود که جاده‌ها متراکم هستند. در این شرایط، هزینه اضافی تحمیل شده به جامعه به دلیل انجام مسافرت‌های اضافی، تنها هزینه استفاده از وسیله نقلیه اضافی نبوده، بلکه مجموع تأخیرهایی است که بر استفاده‌کنندگان از جاده تحمیل می‌شود. تنها در صورتی که هزینه تحمیل شده و دریافت شده بر هریک از استفاده‌کنندگان جاده مبین اقتصاد شهر باشد، برنامه‌ریزان سفر انگیزه خواهند داشت که تعداد سفرهای بیشتری را ترتیب دهند، این امر تا جایی ادامه می‌یابد که منافع آنها کمتر از هزینه‌های اضافی تحمیل شده بر جامعه باشد.
در عمل، در اغلب کشورهای صنعتی و درحال توسعه جاده‌های شهری برای استفاده‌کنندگان آنها بدون هرگونه هزینه مستقیم تدارک دیده شده‌اند. پرداخت‌های صورت گرفته از جانب استفاده‌کنندگان خصوصی به تأمین‌کنندگان عمومی با توجه به میزان استفاده آنها از جاده متفاوت بوده و به صورت غیرمستقیم در قالب مالیات‌ها به ویژه در خصوص سوخت تبلور می‌یابد.
قیمت‌گذاری پایین
قیمت‌گذاری پایین‌تر از مقدار واقعی در تمامی اقتصادها امری رایج است. حتی در کشورهای درحال توسعه با وضع مالیات‌های نسبتا بالا بر سوخت، مالیات‌ها مبین هزینه‌های تراکم شهری نیستند. حقیقت آن است که این مالیات‌ها، قادر به پوشش هزینه‌های متعدد با اثرات مغایر نیستند.
استفاده گسترده از زیرساخت‌ها به نوبه خود منجر به ازدحام بیشتر می‌شود، به دلیل نداشتن درآمد مستقیم، از لحاظ منطقی استفاده از معیارهای معمول سرمایه‌گذاری تجاری در تصمیم‌گیری درباره ظرفیت مورد نیاز امکانپذیر نیست. به دلیل عدم تحقق درآمد برای مقامات مسوول محلی، ممکن است پول کافی برای حفظ زیرساخت‌های فعلی وجود نداشته باشد. بنا به تمامی دلایل یادشده، تضمین اینکه قیمت تحمیل شده به استفاده‌کنندگان در نهایت هزینه‌های اجتماعی سفرهای آنها را پوشش دهد، بسیار حائز اهمیت است.
با توجه به آنکه تصمیم‌گیران اهداف چندگانه‌ای را دنبال می‌کنند، تعیین قیمت‌های حمل ونقل عمومی و افزایش تأمین مالی ضروری، به نوبه خود مسائل و مشکلاتی به همراه دارد. هدف اولیه قیمت‌گذاری حمل ونقل عمومی ایجاد درآمدی است که متضمن عرضه کافی و مناسب خدمات حمل ونقل عمومی باشد. همچنین، می‌توان انتظار داشت که قیمت‌گذاری حمل ونقل عمومی در کاهش تراکم و اثر زیست محیطی ترافیک جاده‌ای و ایجاد هماهنگی موثر میان روش‌های حمل ونقل عمومی و کاهش فقر سهیم باشد. اساسا بحث می‌شود که اگر حمل نقل عمومی شهری تأمین‌کننده اهداف یادشده باشد نمی‌توان انتظار داشت که تمامی هزینه‌های آن را پوشش دهد. در نتیجه، بخش حمل ونقل عمومی شهری در بسیاری از شهرهای عمده کشورهای صنعتی شده مشمول یارانه شده است.
در اغلب کشورهای در حال توسعه با درآمد پایین یا متوسط، میانگین درآمد استفاده‌کنندگان از خدمات حمل و نقل عمومی زیر میانگین درآمد کل است. در چین شرایطی، تعیین کرایه‌ها زیر سطح هزینه‌ها و کسری‌های عملیاتی پوشش داده شده از طریق وضع مالیات‌های فزاینده بر رانندگان ماشین‌های خصوصی اثرات توزیعات مثبتی را به همراه خواهد داشت. به هر حال زمانی که مخارج لازم برای اعمال نظارت بر میزان کرایه‌ها به صورت مستقیم تامین نشود، اثر بلندمدت آن در وهله اول کاهش کیفیت و درنهایت میزان ارایه خدمات حمل و نقل عمومی خواهد بود.
