ماده (12) قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر دارای ظرفیت بسیار بالایی برای افزایش بهره‌وری و توسعه اقتصادی در بخش‌های مختلف است. با وجود این بررسی انجام شده، نشان می‌دهد که اجرای این قانون با موانعی روبه‌رو است. مشکلات کلی مربوط به اجرا را می‌توان به‌صورت زیر برشمرد:
1.فراهم نبودن ساختار مالی مناسب در دولت به نوعی که صرفه‌جویی‌های انجام شده در بخش‌های مختلف، به درآمدهای ملموس منجر شود؛ عدم هماهنگی بین دستگاه‌های مسوول، باعث شده است که تبیین دقیق میزان صرفه‌جویی انجام شده ناشی از اجرای طرح‌ها با مشکل روبه‌رو باشد. به‌خصوص در مواردی که پروژه‌ها در سطح خرد اجرا می‌شوند و صرفه‌جویی حاصل منجر به افزایش بهره‌وری در بخش‌های کوچک می‌شود. این عامل سبب خواهد شد که میزان درآمد حاصل از صرفه‌جویی نیز به‌صورت ملموسی مشخص نشود.
2. پایین بودن اعتبار دولت در پرداخت مطالبات بخش خصوصی؛ عدم تعهد دولت در پرداخت مطالبات پیمانکاران علاوه بر اینکه باعث ایجاد حجم عظیمی از مطالبات شده است به اعتبار دولت نیز صدمه وارد کرده و این موضوع باعث شده است که سرمایه‌گذاران بخش خصوصی علاقه چندانی به مشارکت در طرح‌های ماده (12) قانون رفع موانع نداشته باشند. عدم اجرایی شدن بسیاری از طرح‌های مصوب شورای اقتصاد شاهدی برای این موضوع است.
3. عدم در نظر گرفتن مکانیسم‌های انگیزشی و تشویقات لازم برای ایجاد انگیزه در دستگاه‌های دولتی؛ ماده (12) قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر، دارای ماهیت اجازه‌یی می‌باشد، بنابراین حتی در صورت مشخص بودن وظایف هر یک از دستگاه‌ها در اجرای این قانون نمی‌توان دستگاه‌های مختلف را مجبور به ارائه و اجرای طرح در قالب این ماده کرد. در هر حال راه مناسب‌تر برای اجرایی شدن قوانین، طراحی نظام انگیزشی برای مجریان است. به نوعی که افراد دستگاه‌های مختلف از افزایش بهره‌وری در آن بخش منتفع شوند و خود به‌دنبال اجرایی شدن طرح‌ها باشند. این موضوع در ماده (68) قانون مدیریت خدمات کشوری مورد توجه قرار گرفته است ولی در متن قانون و آیین‌نامه ماده (12) قانون رفع موانع از آن غفلت شده است. در مجموع، احتمال اجرایی شدن کامل ماده (12) به‌دلیل داشتن ماهیت اجازه‌یی و لحاظ نکردن تشویق‌ها و تنبیه‌های لازم، کم است. با این‌حال با فرض بر اینکه قانون دستگاه‌های اجرایی را مکلف می‌نمود، به‌دلیل عدم تعیین متولی اجرا، عدم در نظر گرفتن شاخص و ضمانت اجرای مناسب، باز هم نمی‌توانستیم به اجرای آن مطمئن باشیم. همچنین متن قانون ماده (12) به‌دلیل استفاده از جملات طولانی و عدم رعایت اصول نگارشی دارای پیچیدگی‌هایی است که فهم آن را دشوار می‌کند و امکان برداشت مختلف و نادرست را نیز فراهم می‌آورد.
