مخالفت رییس مجلس با مطرح شدن پیشنهادهای مخالفان طرح تشکیل وزارت بازرگانی در صحن علنی مجلس درحالی بود که بر اساس قانون آیین‌نامه داخلی مجلس، باید اجازه مطرح شدن پیشنهادهای نمایندگان در مورد کلیات و جزییات طرح‌ها و لوایح در صحن علنی مجلس داده شود. به گزارش خبرگزاری فارس، با فشار و پیگیری فراوان دولت، طرح تشکیل وزارت بازرگانی در تاریخ ۳ مهرماه در صحن علنی مجلس شورای اسلامی به تصویب رسید و برای طی کردن ادامه فرایندهای قانونی راهی شورای نگهبان شد. شورای نگهبان در جریان بررسی، تبصره‌های ۱، ۳ و ۴ طرح مذکور را محل ایراد دانست و آن را به مجلس برگرداند. در همین راستا و بنابر تشخیص هیات رییسه صحن علنی مجلس، کمیسیون اجتماعی مجلس مامور به رفع ایرادات شورای نگهبان و ارجاع سریع طرح به صحن علنی مجلس شد. بر همین اساس جلسه‌ای فوری و بدون حضور مخالفان طرح تشکیل وزارت بازرگانی به میزبانی کمیسیون اجتماعی مجلس در ساعت 7 صبح ۲۵ آذرماه برگزار و این طرح مجددا راهی صحن علنی مجلس شد. در نهایت تغییرات و مصوبات جدید کمیسیون اجتماعی مجلس درباره طرح تشکیل وزارت بازرگانی در جلسه علنی مورخ اول دی‌ماه مورد بررسی قرار گرفت و علی‌رغم تلاش فراوان رییس مجلس و بعد از 5 بار رای‌گیری، نه مصوبه کمیسیون اجتماعی مجلس تصویب شد و نه سایر پیشنهادهای مطرح شده در صحن علنی به تصویب رسید. به همین دلیل، مجددا این مصوبه برای اصلاح به کمیسیون اجتماعی مجلس ارجاع داده شد. تبصره 1 ماده 1 طرح تشکیل وزارت بازرگانی ازجمله مهم‌ترین ایرادات شورای نگهبان به این طرح بود که بررسی مجدد آن در جلسه صحن علنی مجلس در تاریخ اول دی ماه هم حواشی زیادی را ایجاد کرد. براساس این ماده، قانون تمرکز وظایف و اختیارت بخش کشاورزی در وزارت جهاد کشاورزی (قانون تمرکز) ملغی و اختیارات قانون مذکور به وزارت بازرگانی داده شده است. براساس قانون تمرکز، مسوول کلیه اختیارات، وظایف و امور مربوط به سیاست‌گذاری، برنامه‌ریزی، نظارت، صادرات و واردات محصولات کشاورزی با وزارت جهاد کشاورزی است.
در جلسه علنی اول دی‌ماه، تعدادی از نمایندگان مجلس پیشنهاداتی برای اصلاح تبصره یک ماده یک طرح تشکیل وزارت بازرگانی داده بودند که علی لاریجانی رییس مجلس، اجازه مطرح شدن آنها را نداد. به عنوان مثال، عباس پاپی‌زاده و علی ابراهیمی دو عضو کمیسیون کشاورزی مجلس پیشنهاد داده بودند، کلیه اختیارات، وظایف و امور مربوط به سیاست‌گذاری، برنامه‌ریزی، نظارت، صادرات و واردات محصولات کشاورزی مندرج در بند «ب» قانون تمرکز، بعد از تشکیل وزارت بازرگانی، کمافی سابق باید در اختیار وزارت جهاد کشاورزی باشد. همچنین نصرالله پژمان‌فر عضو کمیسیون فرهنگی مجلس هم پیشنهادیی مبنی بر اعطای اختیارات صادرات محصولات کشاورزی به وزارت بازرگانی و اعطای اختیارات واردات این بخش به وزارت جهاد کشاورزی مطرح کرده بود. مخالفت رییس مجلس با مطرح شدن پیشنهادهای مخالفان طرح تشکیل وزارت بازرگانی در صحن علنی مجلس درحالی بود که بر اساس قانون آیین‌نامه داخلی مجلس، باید اجازه مطرح شدن پیشنهادهای نمایندگان در مورد کلیات و جزییات طرح‌ها و لوایح در صحن علنی مجلس داده شود. نصرالله پژمان‌فر عضو کمیسیون فرهنگی مجلس در گفت‌وگو با خبرگزاری فارس ضمن انتقاد به تصمیم هیات رییسه مجلس گفت: «طبق آیین‌نامه داخلی مجلس و حقوق نمایندگان، هیات رییسه باید اجازه قرائت نظرات و پیشنهادات را می‌داد. اما متاسفانه با این موضوع مخالفت شد. هیات رییسه و برخی نمایندگان مجلس در موضوع وزارت بازرگانی فضا را مخدوش و بن بست کرده‌اند. تشکیل وزارت بازرگانی هزینه‌های زیادی را به کشور تحمیل می‌کند. پافشاری دولت بر تشکیل وزارت بازرگانی و همراهی هیات رییسه مجلس در این خصوص جای تامل دارد.» همچنین عباس پاپی‌زاده، عضو کمیسیون کشاورزی مجلس هم در این خصوص به خبرگزاری فارس گفت: «هیات رییسه مجلس متاسفانه به دنبال تصویب و تامین نظرات دولت است، هرچند که اشتباه هم باشد. اما مجلس پای نظرات کارشناسی خود، ایستاده و مخالف تشکیل وزارت بازرگانی است، چون به ضرر اقتصاد کشور و بخش کشاورزی می‌باشد. اگر هم وزارت بازرگانی تشکیل شود، قانون تمرکز وظایف و اختیارات بخش کشاورزی در وزارت جهاد کشاورزی (قانون تمرکز) نباید ملغی شود. اختیارات صادرات و واردات محصولات کشاورزی و مواد غذایی باید در وزارت جهاد کشاورزی باشد.
