گمرک هم مثل بسیاری از سازمان‌ها که هر اجتماع کوچک یا بزرگی در بدو پیدایش به وجود آن نیازمند بوده، ایجاد شده است و به تدریج که احتیاجات دیگری مطرح شده سازمان یا سازمان‌های جدیدتر در سطح ملی یا بین‌المللی مطابق آنچه امروز شاهد آن هستیم، به وجود آمده است. گمرک با ایجاد اولین نیروی دفاعی در کوچک‌ترین مقیاس متصور، به منظور حفظ قلمرو ملی یک نمونه کوچک از حکومتها، مانند یک قبیله، به وجود آمد. اما اینکه این نیرو چه نام داشته یا نامیده می‌شده و تشکیلات اداری آن چگونه بوده، به‌طور مسلم از چندین هزار سال قبل سابقه چندان مستندی وجود ندارد. قراین نشان می‌دهد هرکجا مبادله بازرگانی بوده این تشکیلات یا به‌طور کلی گمرک وجود داشته است. با توجه به قراین و شواهد تاریخی که دلالت بر تمدن قوم ماد و حکومت این قوم بر سرزمین ایران آن روزگار دارد، می‌توان ادعا کرد که به‌طور قطع مقررات گمرکی و گمرک به شکلی در زمان مادها وجود داشته است.
همین طور در زمان سلسله هخامنشی، در سرزمین وسیع ایران که از شرق هندوستان تا غربی‌ترین نقطه در مصر آن زمان و در شمال و جنوب نیز ادامه داشته، مبادلات بازرگانی از زمان مادها رونق بیشتری داشته و چنین تشکیلاتی نیز دایر بوده است. در زمان اشکانیان گمرک به صورت اداره‌ای منظم فعالیت داشته و کلیه اجناس وارده و صادره ثبت می‌شده است و اهمیت قضیه در این است که حقوق و عوارض گمرکی فقط از کالاهای وارداتی اخذ می‌شده که خود نشان‌دهنده این است که دولت در حفظ و حمایت مصنوعات داخلی در آن زمان کوشا بوده است. از دوره ساسانیان اطلاعاتی در مورد وجود گمرک و حقوق و عوارض گمرکی و نحوه دریافت آن نمی‌توان به دست آورد، ولی مواردی‌که مورد مداقه قرار می‌گیرد نشان‌دهنده این است که نباید عنوان کرد که در آن زمان امور گمرکی وجود نداشته است، زیرا وجود ادارات منظم گمرکی و دفاتر گمرکی در سلسله اشکانیان محرز بوده است و با توجه به اینکه ساسانیان وارث حکومت اشکانیان می‌باشند نمی‌توان مدعی شد که این منبع درآمد را نادیده گرفته‌اند . نکته دیگر در مورد وجود گمرک و گرفتن حقوق و عوارض گمرکی در زمان ساسانیان در رابطه با همکاری و مبادله دولت ایران با دولت روم است که طبق اطلاعات دقیقی که دردست است، دولت روم از کالاهای وارداتی و صادراتی خود حقوق و عوارض دریافت می‌کرده است اما در دوره جدید، قانون تعرفه و آیین نامه آن در سال 1337 براساس تعرفه ژنو به تصویب رسید که تا سال 1351 اجرا می‌شد. در سال 1350 قانون امور گمرکی به تصویب رسید که براساس بروکسل تنظیم گردیده و آیین نامه اجرایی آن در سال 1351 به تصویب رسید . در سال‌های بعد از 1351 براساس نیاز به سازگاری مواد و مفاد قانون امور گمرکی و آیین‌نامه اجرایی که با روند اقتصادی، اداری و سیاسی کشور اصلاحاتی در قانون امور گمرکی و آیین نامه اجرایی آن به عمل آمد.
