یکم تیر 1360، به دنبال تصویب طرح بی‌کفایتی سیاسی ابوالحسن بنی صدر نخستین رییس‌جمهوری اسلامی ایران به وسیله مجلس شورای اسلامی ایران در روز گذشته، وی با حکم امام خمینی از ریاست‌جمهوری برکنار شد. بنی‌صدر در نخستین انتخابات ریاست‌جمهوری ایران با سیداحمد مدنی، حسن حبیبی، داریوش فروهر، صادق طباطبایی، کاظم سامی و صادق قطب‌زاده رقابت کرد و با کسب حدود 11 میلیون رأی به عنوان اکثریت آرا، رییس‌جمهور شد. او یک ماه بعد از پیروزی در انتخابات ریاست‌جمهوری، با حکم امام خمینی(ره) رییس شورای انقلاب اسلامی و فرمانده کل قوا شد. بعد از پیش آمدن موارد اختلاف بین مجلس و بنی‌صدر و مواردی که از سوی مجلس، خروجِ رییس‌جمهور از قانون تلقی می‌شد، هیاتی سه نفره شکل گرفت، در 12 فروردین 1360 آیت‌الله محمدرضا مهدوی کنی به عنوان نماینده امام، آیت‌الله شهاب‌الدین اشراقی به عنوان نماینده رییس‌جمهور (بنی‌صدر) و آیت‌الله محمد یزدی نیز به عنوان نماینده روسای دولت، مجلس و قوه قضاییه انتخاب شدند. در این جلسات تصمیم بر این شد که هیات سه‌نفره، طی نامه‌ای خطاب به بنی‌صدر، از وی برای پاره‌ای از موارد توضیح بخواهد. همچنین در این جلسات درباره تخلفات روزنامه‌های «میزان»، «انقلاب اسلامی» و «جبهه ملی» که جزو حامیان بنی‌صدر بودند، نیز بحث شد و این روزنامه‌ها در نهایت لغو مجوز شدند. بعد از این، سخنرانی‌ها و مصاحبه‌های مطبوعاتی بنی‌صدر سبب شد که اعضای هیات سه‌نفره این موارد را تخلف از بیانیه 10 ماده‌ای امام و تخلف از قانون اساسی بدانند و زمینه برای استیضاح او فراهم شود. بنی‌صدر طی نامه‌ای به آیت‌الله اشراقی، به نظر و اظهارات سخنگوی هیات حل اختلاف اعتراض کرد و آن را خلاف حقیقت دانست. بنی‌صدر نامه دیگری نیز به اشراقی نوشت و در مورد موارد ایراد هیات سه‌نفره در مورد اختلافات رییس‌جمهور با نخست‌وزیر در مورد سرپرستی وزارتخانه‌های بدون وزیر نیز مفصلاً توضیح داد. 27 خرداد، آیت‌الله شهاب‌الدین اشراقی از نمایندگی بنی‌صدر استعفا داد و سپس جلسه بحث درباه عدم کفایت بنی‌صدر در مجلس برگزار شد. مهدی بازرگان، ابراهیم یزدی، یدالله سحابی، احمد سلامتیان، علی گلزاده غفوری، اعظم طالقانی، حسین انصاری‌راد، احمد صدر حاج سیدجوادی، عزت‌الله سحابی، علی‌اکبر معین‌فر، احمد غضنفرپور، سیدمحمدمهدی جعفری، محمد مجتهد شبستری و هاشم صباغیان از جمله نمایندگانی بودند که در جلسه عدم کفایت بنی‌صدر حضور نیافتند. در نهایت مجلس در تاریخ 31 خرداد 1360 با اکثریت 177 نفر در مقابل 12 رای ممتنع و یک رای مخالف، رأی به عدم کفایت بنی‌صدر داد. سپس حکم عزل بنی‌صدر به امضای امام رسید. بعد از آن تا مدتی خبری از بنی‌صدر نبود و او برای مدتی پنهان تا اینکه از کشور خارج شد.
