بر اساس دیدگاه برخی تحلیلگران، سفر رییس‌جمهور ایران به عراق، یکی از مهم‌ترین دستاوردهایش دیدار با مرجعی است که در چند سال اخیر به جز موارد بسیار معدودی بسیاری از بزرگان ارشد سیاست حتی خود عراق را برای دیدار و ملاقات به حضور نپذیرفته است.
آیت‌الله سیستانی که از او به عنوان قوی‌ترین مرد عراق از زمان اشغال این کشور تا به امروز نامبرده می‌شود، به ندرت در ملأ عام ظاهر می‌شود. مواضع و دیدگاه‌های این مرجع عالی قدر که تلاش داشته به صورت رسمی و مستقیم بر صحنه سیاست و اجرایی حضور نداشته باشد از طریق بیانیه‌های مکتوب مهر شده او یا خطبه‌های نماز جمعه توسط نمایندگان او یا مصاحبه‌های مکتوب دفترش با رسانه‌ها اعلام می‌شود. به گزارش ایسنا، بسیاری معتقد هستند که دیدار روحانی با وی دیداری تاریخی است و برخی وجود برخی از اشتراکات فکری بین این دو روحانی را دلیلی بر دادن وقت ملاقات از سوی او به رییس‌جمهور ایران اعلام کرده‌اند. موضوع مورد توجه در این زمینه این است که روحانی نخستین چهره سیاسی ارشد ایرانی است که در سال‌های اخیر با این مرجع بزرگ شیعیان دیدار می‌کند.
انجام دیدار با آیت‌الله سیستانی که همواره تلاش کرده که نقش وحدت‌آفرینی در جامعه عراق داشته باشد و گروه‌های سیاسی مذهبی عراق را به هم نزدیک کند، قطعاً می‌تواند در افزایش وفاق و گسترش مناسبات بین دو کشور موثر باشد. درواقع می‌توان از این دیدار به عنوان دیداری منحصر به فرد یاد کرد که در آن در ارتباط با مسائل مختلف جهان اسلام بحث شده است.
از دیگر سو برخی تحلیلگران نیز معتقدند دیدار روحانی با آیت‌الله سیستانی وزن شخصی سیاسی او و وزن دولتش را نیز در معادلات سیاسی افزایش می‌دهد که این نه‌تنها در افزایش توان او در معادلات بین‌الملل موثر است بلکه در بعضی محافل داخلی نیز مورد توجه قرار می‌گیرد.
آیت‌الله سیستانی که در مشهد به دنیا آمد، در سال ۱۳۷۱این شهر را به مقصد نجف اشرف ترک کرد و در مدرسه علمیه بخارایی اقامت کرد. او در نجف اشرف، درس فقه و اصول را نزد دو تن از بزرگان این عرصه آیت‌الله سید ابوالقاسم موسوی خویی و شیخ حسین حلّی گذراند و در همان ایام، از مباحث برخی دیگر از سرشناسان حوزه از جمله مرحوم آیت‌الله حکیم و مرحوم آیت‌الله شاهرودی بهره برد.
در آن مقطع رژیم بعثی عراق از نخستین سال‌های حاکمیت خود بر این کشور همسایه، به هر بهانه‌ای می‌کوشید تا حوزه علمیه نجف اشرف را به نابودی بکشاند، در همین راستا، به عملیات اخراج گسترده علما و فضلا و طلاب غیر عراقی از عراق پرداخت و در این ماجرا، آیت‌الله سیستانی بارها تا آستانه اخراج از این کشور پیش رفت و در چند مرحله، بسیاری از شاگردان و طلاب حوزه درسی وی از عراق بیرون رانده شدند. پس از آن، با وجود شرایط دشوار حاکم در روزهای جنگ عراق با ایران، او اصرار داشت که در نجف بماند و با جدیت بر ضرورت ادامه حیات استقلال این حوزه از دولت، تاکید کرد و به منظور پیشگیری از پیامدهای منفی ناشی از نادیده گرفتن این استقلال، تدریس در حوزه علمیه نجف را پی گرفت.
در سال ۱۴۱۱ هجری هنگامی که رژیم بعثی عراق، «انتفاضه شعبانیه» را سرکوب کرد، او همراه جمعی از علما، از جمله «شهید شیخ مرتضی بروجردی» و «شهید میرزا علی غروی» بازداشت شد و در هتل «السلام» و اردوگاه «رزازه» و بازداشتگاه «رضوانیه» مورد ضرب و جرح و بازجویی قرار گرفت.
در سال ۱۴۱۳ هجری، پس از درگذشت حضرت آیت‌الله خویی و تصدّی مرجعیت از سوی آیت‌الله سیستانی، نیروهای رژیم سابق کوشیدند تا روند مرجعیت دینی در نجف اشرف را دستخوش دگرگونی کنند و بدین منظور هر چه در توان داشتند به کار بستند تا از موقعیت و جایگاه برجسته او در میان مراجع بکاهند و تلاش کردند تا با بهره‌گیری از راهکارهای گوناگون از جمله به تعطیلی کشاندن مسجد «خضرا» در اواخر سال ۱۴۱۴ هجری قمری، در میان مردم تفرقه و جدایی بیندازند. اسناد کشف شده از سازمان‌های اطلاعاتی عراق حاکی از آن است که به دنبال ناکامی رژیم بعثی در تحقق خواسته‌های خود، این سازمان نقشه ترور آیت‌الله سیستانی را در سر می‌پرورانده است.
در همین راستا او از اواخر سال ۱۴۱۸ هجری به حصر در خانه خود محکوم شد، به گونه‌ای که در این سال‌ها حتی از تشرّف به زیارت حضرت امیرالمومنین(ع) نیز محروم ماند. او در این مدت همواره از سوی سازمان‌های اطلاعاتی تحت فشار قرار داشت، ولی در برابر همه این زورگویی‌ها پایداری کرد تا اینکه رژیم بعث عراق فروپاشید و او با توجه به تحولات رخ داده و ویژگی‌های شخصیتی‌اش به تاثیرگذارترین فرد عراق تبدیل شد. آیت‌الله سیستانی همواره بر رعایت حقوق مردم اعم از شیعه و سنی تاکید جدی داشته است و در دوره زعامت او بر حوزه علمیه نجف نمی‌توان موضع‌گیری، اظهارنظر یا عملکردی فرقه‌گرایانه از او مشاهده کرد. چنان که وی با وجود آنکه رهبر دینی شیعیان عراق به شمار می‌رود، فقط شیعیان را مورد خطاب خود قرار نداده و همیشه با تعابیری عام با همه مردم عراق سخن گفته است. او که در ایجاد ارتش مردمی عراق در جهت مبارزه با داعش نقش اساسی و راهبری داشت در فوریه ۲۰۱۵ مجموعه توصیه‌هایی به عموم نیروهای نظامی شرکت‌کننده در جنگ با گروه داعش صادر کرد. از جمله مهم‌ترین موارد این قواعد، نهی از تندروی، مثله کردن، کشتن کهنسالان و زنان و خردسالان، بریدن درختان، تعدی به جان و مال غیر‌نظامیان، هدف قرار دادن مظنونین پیش از اطمینان یافتن از وضع آنان، دشنام‌گویی به دشمن، آسیب رساندن یا آزار اسیران، بدرفتاری با غیر مسلمانان، کافر شمردن مسلمانان حتی اگر از گروه داعش باشند و توصیه‌های کلی و مکرر به رعایت اخلاق انسانی در همه جوانبش است.
