شهر تاریخی و به خاک خفته «جرجان» در سه کیلومتری گنبد با نشانه‌های روشنی از دوران حکومت سامانیان، آل‌زیار و سلجوقیان که در سال ۶۲۰ هجری بر اثر حمله مغول از بین رفت به‌دلیل استفاده بخشی از اراضی آن توسط اشخاص در گذشته و اکنون قرار گرفتن در طرح توسعه امامزاده یحیی کوچک‌تر می‌شود. شهر تاریخی جرجان که بر اساس مطالعات و هفت فصل کاوشگری باستان شناسان طی چند دهه گذشته بخش‌هایی از آن از دل خاک بیرون آمده، در زمان آبادانی خود هزار و ۲۰۰ هکتار مساحت داشت اما به دلایل مختلف نظیر توسعه بخش کشاورزی، ساخت خانه و کاوش‌های غیرمجاز از بین رفته و اکنون گستره آن به حدود ۲۵۰ هکتار کاهش یافته است. به گفته کارشناسان، بیش از صدها محوطه و تپه باستانی در این شهر وجود دارد که تنها بخش اندکی از آنها شناسایی شده و داده‌ها و یافته‌های باستان‌شناسی نیز نشانگر آن است که این منطقه تمامی شرایط لازم برای تداوم فرهنگی را تا دوران اسلامی داشته و کشف سفالینه‌های مربوط به هزاره پنجم قبل از میلاد و عصر آهن در محلی به نام «حبی بلی » در محدوده شهر جرجان و در حاشیه رودخانه گرگان رود، شاهدی بر این مدعاست. مدیر پایگاه شهر تاریخی جرجان همچنین با تاکید بر ضرورت همکاری و مشارکت همگانی برای حفظ عرصه باقی مانده این شهر تاریخی، گفت: از زمان ایجاد این پایگاه در سال ۹۷ برای نخستین بار امسال بودجه مستقل برای آن تعریف و یک میلیارد و ۱۰۰ میلیون ریال بابت مباحث حفاظتی آن تخصیص یافت. اجازه ساخت و ساز به هیات امنای امامزاده یحیی بن زید (ع) گنبدکاووس از سوی میراث فرهنگی گلستان در حالی صورت می‌گیرد که چند ماه پیش این نهاد با عبور خط لوله گاز از شهر تاریخی مخالفت کرد.
