فتح تهران به دست مشروطه‌خواهان، فرار محمدعلی شاه و اینک، تشکیل دوباره مجلس. روز بیست و چهارم فروردین 1288 با پایان دوران استبداد صغیر دومین دوره مجلس شورای ملی آغاز شد. تا مشروطه دوم دوباره برقرار شود، خون‌های زیادی ریخته شد، از مشروطه‌خواهان گرفته تا شیخ فضل‌الله نوری که به دست مشروطه‌خواهان و پس از فتح تهران اعدام شد و لکه ننگی در دامان مشروطه ماند.
محمدعلی شاه از روز تاج‌گذاری سر مخالفت با مشروطه را گذاشت و در اولین گام در روز تاج‌گذاری‌اش نمایندگان مجلس را دعوت نکرد. پس از آن به ستیز با مشروطه پرداخت و پس از چندی کش و قوس سرانجام شمشیر را از رو بسته و دستور به توپ بستن مجلس را داد و با همراهی سرهنگ لیاخوف روس این کار را به انجام رساند. به دنبال این اقدام چند تن از مشروطه‌خواهان سر‌شناس چون میرزا جهانگیرخان صوراسرافیل و ملک‌المتکلمین و تنی دیگر را در باغشاه تهران به قتل رساند و جمع دیگری را به زندان انداخت و عده‌ای نیز مجبور به ترک وطن شدند. در برابر خودکامگی‌های محمدعلی شاه، مبارزانی از اقصا نقاط کشور در مخالفت با رفتارهای استبدادی وی قیام کردند. مقاومت افرادی نظیر ستارخان و باقرخان در شهر تبریز و به دنبال آن پیوستن بختیاری‌ها، مجاهدان قفقاز، محمدولی‌خان تنکابنی، مردم گیلان و... به گشوده شدن دروازه‌های تهران و فرار محمدعلی میرزا به سفارت روسیه در تهران منجر شد. در پی این واقعه مشروطه‌خواهان فاتح تهران، مقرری برابر ۱۰۰ هزار تومان برای شاه در نظر گرفتند و او را به روسیه تبعید کردند. وی پس از مدتی درصدد بازگشت و انتقام‌جویی و کسب مجدد قدرت برآمد و به همین منظور با کمک روسیه سپاهی فراهم کرد و به ایران تاخت، اما شکست خورد و ناچار به روسیه برگشت و مقرری وی نیز قطع شد.
با عزل محمدعلی شاه، احمد میرزا دومین پسر محمدعلی شاه، توسط مجلسی عالی از رجال و بزرگان مملکت در ۱۲ سالگی به سلطنت رسید و تا رسیدن به سن بلوغ و تاج‌گذاری در تیر ۱۲۹۳، ابتدا عضدالملک سپس ناصرالملک از سران ایل قاجار نایب‌السلطنه بودند. همزمان با سقوط محمدعلی شاه و آغاز سلطنت احمد شاه، پس از یک سال و چهار ماه و ۲۱ روز فترت، دوره دوم مجلس قانون‌گذاری در تاریخ ۲۴ فروردین ماه ۱۲۸۸ هجری شمسی افتتاح و نخستین جلسه رسمی آن سه روز بعد برگزار شد.
انتخابات این دوره به موجب نظام‌نامه انتخابات مورخ ۱۲جمادی‌الثانی ۱۳۲۷ هجری قمری با محدود‌تر کردن مداخله شاه، به‌صورت غیرمستقیم و دو مرحله‌ای برگزار شد و برخلاف دوره اول مجلس که انتخابات آن در انحصار اصناف و طبقات بود، در این دوره انتخابات صنفی ملغی شد.
با وجود این معضلات، مجلس دوم در طول عمر نسبتا کوتاه خود اقدامات مهمی انجام و گام‌های موثری در راه‌حل مشکلات برداشت. قانون مالیات عمومی، قانون دیوان محاسبات، قانون جدید انتخابات و قانون معارف از مهم‌ترین قوانین مصوب مجلس دوم بود. از جمله اقدامات موثری که در راستای تحدید قدرت دو ابرقدرت ذی‌نفوذ در ایران (انگلستان و روسیه) در جریان مجلس دوم انجام گرفت، استخدام مستشارانی از کشورهای دیگری نظیر امریکا، سوئد و فرانسه بود که به منظور اصلاح دستگاه‌ها و سازمان‌های دولتی از قبیل ژاندارمری، شهربانی و وزارت کشور به استخدام دولت ایران درآمدند.
