هشتم مرداد 1288، چند روز پس از فتح تهران به دست مشروطه‌خواهان و برکناری محمدعلی‌شاه، شیخ فضل‌الله نوری که به او پیشنهاد پناه بردن به سفارت روسیه برای در امان ماندن داده شده بود، بازداشت شد. بازداشتی که سه روز بیشتر به طول نینجامید و شیخ یازدهم همان ماه در میدان توپخانه به دست فاتحان تهران به‌دار آویخته شد. برخی این اقدام را خطای بزرگ مشروطه‌خواهان می‌دانند. در کتاب‌های درسی مدارس آمده است: «در پی پیروزی انقلاب مشروطه روشنفکران به نقش روحانیون توجه نکردند و نه‌تنها سهمی ندادند که شیخ فضل‌الله را دار زدند». اما این همه واقعیت نبود. علت ناخرسندی روحانیون مشروطه‌‌گرا از شیخ این بود که به احکام مراجع ثلاث در نجف در حمایت از مشروطه بی‌توجهی کرد. آن سه مرجع شاخص عبارت بودند از: آخوند ملا محمدکاظم خراسانی، حاج میرزا حسین حاج‌میرزا‌خلیل و آخوند ملا عبدالله مازندرانی. مخالفان شیخ فضل‌الله و مشروطه‌خواهان او را که زمانی با مشروطه همراهی کرده و در این راه هزینه داده بود، متهم به همکاری با محمدعلی‌شاه کردند و معتقد به همراهی شیخ با محمدعلی‌شاه در به توپ بستن مجلس بودند؛ همان مجلسی که شیخ ابراهیم زنجانی، قاضی دادگاه شیخ فضل‌الله نیز نماینده آن بود. با این همه اعدام شیخ فضل‌الله و برخی مخالفان و منتقدان مشروطه خطایی بود که از همان ابتدا مشروطه‌خواهان را به راه خطا برد. ادوارد براون می‌نویسد: «گفته می‌شود هنگامی که شیخ فضل‌الله در خطر مرگ بوده روس‌ها به او پیشنهاد کردند پرچم روس را بر بام خانه‌اش زند تا از هر گزند ایمن باشد یا به سفارت روس پناهنده شود اما شیخ زیر بار این ننگ نمی‌رود و جواب می‌دهد ترجیح می‌دهم کشته شوم تا چنین کاری انجام دهم.». در اینکه شیخ، مجتهد سرشناسی بوده کمترین تردیدی وجود ندارد تا جایی که احمد کسروی در تاریخ مشروطه ایران از او به عنوان «یکی از مجتهدان بنام و باشکوه تهران» یاد می‌کند. شیخ فضل‌الله از دفاع مفصل در دادگاه می‌پرهیزد و به دفاعیه کوتاهی بسنده می‌کند و تنها می‌گوید: «آقایان قضات! آیا در روز قیامت می‌توانید جواب مرا بدهید؟ نه من مرتجع بودم و هستم و نه سیدعبدالله (بهبهانی) و سیدمحمد (طباطبایی) مشروطه‌خواه. فقط محض این بود که مرا خوار کنند و کنار بزنند. نزد من و آن دو (رهبران روحانی جنبش مشروطه) موضوع ارتجاع و اصول مشروطه در میان نبود. اگر بار گران بودیم رفتیم، اگر نامهربان بودیم رفتیم».
