ششم تیرماه سال1360 در حالی که تنها شش روز از شهادت مصطفی چمران، گذشته بود، پروژه حذف رهبران اصلی جریان پیرو خط امام (ره)، با انفجار بمب کار گذاشته شده در ضبط صوت قرار داده شده روی تریبون سخنرانی آیت‌الله خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران، توسط منافقین کلید خورد. حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران در حالی که مشغول سخنرانی بودند، توسط جوانی 25 ساله با نام جواد قدیری مورد سوء قصد قرار گرفتند و پس از جراحت شدید به مدت 42 روز تحت معالجه قرار داشتند. خوشبختانه به دلیل کامل عمل نکردن بمب و تنها انفجار چاشنی آن، ترور نافرجام ماند اما جراحات شدیدی بر ایشان وارد شد. براساس اخبار منتشر‌شده در همان زمان، رهبر انقلاب «از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شدند. استخوان ترقوه ایشان شکسته شد و چند رگ و عصب دست راست ایشان نیز قطع شد که در نهایت سلامتی اش را باز‌نیافت.
پس از اعلام خبر ترور آیت‌الله خامنه‌ای که نمایندگی امام (ره) در شورای عالی دفاع و امامت جمعه تهران را برعهده داشت، حضرت امام خمینی (ره)، رهبر کبیر انقلاب، پیامی خطاب به ایشان صادر کردند. در بخشی از این پیام آمده است: «اکنون دشمنان انقلاب با سوءقصد به شما که از سلاله رسول اکرم و خاندان حسین بن‌علی هستید و جرمی جز خدمت به اسلام و کشور اسلامی ندارید و سربازی فداکار در جبهه جنگ و معلمی آموزنده در محراب و خطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز در صحنه انقلاب هستید، میزان تفکر سیاسی خود و طرفداری از خلق و مخالفت با ستمگران را به ثبت رساندند.
اینان با سوءقصد به شما عواطف میلیون‌ها انسان متعهد را در سراسر کشور بلکه جهان جریحه‌‌دار نمودند. اینان آنقدر از بینش سیاسی بی‌‌نصیبند که بی‌‌درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایات دست زدند، و به کسی سوءقصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین‌‌انداز است. اینان در این عمل غیرانسانی به جای برانگیختن و رعب، عزم میلیون‌ها مسلمان را مصمم‌‌تر و صفوف آنان را فشرده‌‌تر نمودند.» منافقین که از این ترور ناکام ماندند، دست از خیانت برنداشتند و یک روز پس این واقعه هفتم تیرماه، مقر حزب جمهوری اسلامی را منفجر کردند که موجب شهادت دکتر آیت‌الله بهشتی و هفتاد و دو تن از یارانش شد. منافقین رسما مسوولیت سوءقصد به آیت‌الله خامنه‌ای را با وجودی که حتی بر قسمتی از بدنه داخلی ضبط صوت انفجاری با ماژیک نوشته شده بود: «هدیه گروه فرقان» بر عهده نگرفتند. بعدها نیز در بیانیه وزارت خارجه امریکا درباره سازمان مجاهدین خلق، مجروح شدن آیت‌الله خامنه‌ای یکی از مجموعه اقدامات تروریستی سازمان خوانده شد. منافقین هم در نفی این واقعیت مجددا اعلام کرد که سوءقصد به مقام معظم رهبری «قبل از شروع مبارزه مسلحانه مجاهدین» توسط گروه فرقان انجام شده »که هیچ ربطی به مجاهدین نداشت.
