هفدهم بهمن 1366، سران سه قوه در نامه‌ای به امام خمینی(ره) خواستار تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام شدند. امام با این درخواست موافقت کردند و این مجمع تشکیل شد.
اوایل انقلاب اسلامی و در پی بروز اختلاف بین مجلس و شورای نگهبان برای تصویب مصوبات مجلس و لزوم تطابق آنها با شرع اسلام، ریاست وقت مجلس شورای اسلامی در پنجم مهر ۱۳۶۰ طی نامه‌ای از امام خمینی (ره) درخواست کرد که راه‌حلی ارایه دهد. ایشان طی نامه‌ای به مجلس اجازه داد تا موارد مصلحتی را با اکثریت اعضای نمایندگان و قید موقت به تصویب برسانند. اما با وقوع اختلافات بیشتر در این زمینه و باقی بودن مشکلات سرانجام پس از مکاتباتی بین مقامات عالیرتبه و ذیربط وقت کشور، درخواستی در بهمن‌ماه ۱۳۶۲ به امضای رییس‌جمهور وقت، رییس وقت مجلس شورای اسلامی، رییس وقت دیوان عالی کشور، نخست وزیر وقت و سید احمد خمینی به امام خمینی(ره) برای چاره‌جویی در این باره ارسال شد. امام خمینی در تاریخ ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ هجری شمسی با صدور فرمانی، مجمع تشخیص مصلحت نظام را برای رسیدگی به این قبیل امور تأسیس کرد. این مجمع که در آغاز تاسیس، صرفا به‌منظور تشخیص مصلحت در موارد اختلاف بین مجلس و شورای نگهبان تاسیس شده بود، وقتی قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران در سال ۱۳۶۸ مورد بازنگری قرار گرفت پس از بحث‌های مشروح درباره جایگاه مجمع تشخیص مصلحت، وظایف یازده‌گانه‌ای مستند به اصول ۱۱۲، ۱۱۱، ۱۱۰ و ۱۷۷ برعهده‌اش قرار گرفت، تا به عنوان حلقه تکمیلی در حاکمیت نظام جمهوری اسلامی و در شرایط مختلف ایفای نقش کند. وظایف مجمع تشخیص مصلحت نظام، به استناد اصول و بندهای قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران در 11 بند تصریح شده است: ارایه مشاوره به مقام معظم رهبری در تعیین سیاست‌های کلی نظام (به استناد بند 1 اصل 110 قانون اساسی)؛ پیشنهاد چگونگی حل معضلات نظام که از طریق عادی قابل حل نیست به مقام معظم رهبری (به استناد بند 8 اصل 110 قانون اساسی)؛ تشخیص مصلحت در مواردی که مصوبه مجلس شورای اسلامی را شورای نگهبان خلاف موازین شرع یا قانون اساسی بداند (به استناد اصل 112 قانون اساسی)؛ مشاوره در اموری که مقام رهبری به مجمع ارجاع می‌دهد (به استناد اصل 112 قانون اساسی)؛ نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام (به استناد نامه مورخ 17/1/77 مقام معظم رهبری)؛ مشاور رهبری در موارد اصلاح یا تتمیم قانون اساسی (به استناد اصل 177 قانون اساسی)؛ عضویت در شورای بازنگری قانون اساسی (اعضاء ثابت مجمع) (به استناد اصل 177 قانون اساسی)؛ انتخاب یکی از فقهای شورای نگهبان برای عضویت در شورای موقت رهبری (به استناد اصل 111 قانون اساسی)؛ تصویب برخی از وظایف رهبری برای اجراء توسط شورای موقت رهبری (به استناد اصل 111 قانون اساسی)؛ انتخاب جایگزین هریک از اعضا شورای موقت رهبری در صورت عدم توانایی انجام وظایف (به استناد اصل 111 قانون اساسی)؛ پیشنهاد چگونگی اتخاذ تصمیم شورای موقت رهبری در مورد وظایف مصرح در بندهای اصل یکصد ودهم که در اصل یکصدویازدهم تصریح شده است.
