یازدهم آذر 1308، زندان قصر به وسیله رضاخان گشایش یافت. زندانیان سیاسی مشهوری تا 1357 خورشیدی در این زندان اسیر شدند که از آن جمله می‌توان به جمعی از روحانیان مذهبی، اعضای حزب ملل اسلامی، اعضای نهضت آزادی، سوسیالیست‌ها، شرکت کنندگان در قیام 15 خرداد 1342 خورشیدی، اعضای احزاب موتلفه، اعضای گروه فداییان خلق، تعدادی از چریک‌ها و نیز تعدادی از حزب توده اشاره کرد.
این زندان مرکب از دو یا سه اتاقک کوچک معروف به حبس نمره یک و چند اتاق و یک زیرزمین برای زندانیان عمومی بود.
با آغاز حکومت رضاشاه، محل قبلی تکافوی خیل عظیم زندانیان را نمی‌کرد. از این رو سرتیپ درگاهی، رییس نظمیه تقاضای یک محل وسیع برای ایجاد زندان تهران را کرد. محلی که برای اینکار در نظر گرفته شد، قصر قاجار (حدفاصل سه راه زندان، پل سیدخندان، خیابان شریعتی و خیابان پلیس فعلی) بود که دارای ساختمان‌های قدیمی و وسیع و متروکه بود. این مجموعه که در سال ۱۱۶۸ خورشیدی توسط معمار روسی به نام نیکلا مارکف ساخته شده، محل مناسبی برای ایجاد زندان تشخیص داده شد و در تاریخ ۱۱ آذر ماه ۱۳۰۸ به دست رضا شاه افتتاح شد.
زندان قصر در ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی محل حبس و محاکمه تعدادی از مسوولان رژیم سابق بود. این زندان پس از انقلاب، محل حبس زندانیان غیرسیاسی شد و در سال 1382 به دلیل حضور زندان در میانه شهر و بافت قدیمی و فرسوده آن، تصمیم به تعطیلی این زندان تاریخی گرفته شد. ابتدا قرار بود این فضا تبدیل به مکانی تجاری و برج‌های عظیم شود و حتی قسمتی از این مکان به همین دلیل تخریب شد. اما در سال 1386 با دستور شهردار تهران، برای حفاظت و صیانت از یادمان‌های انقلاب اسلامی و گذشته سیاسی ایران و همچنین تراکم بالا و نیازمندی منطقه به اماکن تفریحی و مراکز فرهنگی تصمیم به تبدیل این زندان به باغ - موزه شد.
