دوم مرداد 1342، پس از دستگیری امام‌خمینی(ره) و رویداد 15 خرداد 1342، تعدادی از علما و مراجع از قم، مشهد و دیگر شهرها به تهران آمدند و با تنظیم نامه‌ای مبنی بر تایید مرجعیت ایشان، خواستار آزادی امام شدند.
پس از گفت‌وگوهای فراوان، سرانجام قرار شد که سئوالی به عنوان استفتا درباره مقام علمی آیت‌الله خمینی (ره) از آیات عظام به عمل‌اید و آنها در پاسخ تایید کنند که امام خمینی یکی از مراجع تقلید است. متن کامل سوال و جواب‌ها در صفحات ۳۶ تا ۴۰، جزوه شکست نخستین توطئه علیه آیت‌الله العظمی خمینی و نهضت اسلامی ایران درج شده است. پانزدهم تیر ۱۳۴۲ سید محمدهادی میلانی ساکن مشهد، آیت‌الله خمینی را از مراجع تقلید شناخت. شانزدهم تیر نیز سید شهاب‌الدین مرعشی نجفی و کاظم شریعتمداری هم مرجعیت ایشان را تایید کردند. پنجم مرداد ۱۳۴۲ گلپایگانی و میلانی و شریعتمداری فتوای مشترکی صادر کردند و از اصل دوم متمم قانون اساسی مشروطه، تفسیری در فتوای خود نوشتند.
مطابق مفهوم اصل دوم متمم قانون اساسی علمای تراز اول مصونیت داشته و حبس و توقیف و تبعید آنان مخالف قانون است زیرا که علمای تراز اول در قوانینی که از مجلسین بگذرد (از نظر موافقت یا مخالفت با شرع) حق رد و قبول دارند و بنابراین در مقامی فوق مجلس قرار گرفته و حاکم بر هیات قانونگذاران هستند.
یازدهم امرداد ۱۳۴۲ سرلشکر حسن پاکروان رییس سازمان اطلاعات و امنیت کشور، به دیدار آیت‌الله خمینی در پادگان عشرت آباد رفت و به وی اعلام کرد که او آزاد است. همان روز سیدروح‌الله‌خمینی، قمی و محلاتی از زندان به ویلایی درمنطقه داودیه تهران منتقل شدند و مردم گروه گروه برای دیدن آنها آمدند. مدت کوتاهی پس از آن، سازمان اطلاعات و امنیت کشور به آقایان اطلاع داد که می‌توانند به خانه‌های مورد نظر خودشان بروند. امام خمینی به منزل یکی از بازاریان به نام روغنی در قیطریه رفتند، قمی خانه‌یی در زرگنده و محلاتی خانه‌یی در قلهک اجاره کردند.
