ششم خرداد 1306 آخرین کابینه مستوفیالممالک که 16خرداد 1305 خورشیدی تشکیل شده بود با استعفای او پایان یافت. در یک دوره 16ساله مستوفیالممالک 8 بار مامور تشکیل کابینه شد. اما این کابینه‌ها به دلیل بحران اقتصادی، سیاسی، رویدادهای جنگ جهانی اول و مداخله نیروهای بیگانه در ایران کم‌دوام بود و عمر بعضی از آنها چند هفته بیشتر نبود. آخرین دوره نخستوزیری او در دوران قاجاریه از ۲۵بهمن ۱۳۰۱ حدود 2سال بعد از کودتای ۱۲۹۹ آغاز شد. رضاخان که در کابینه‌های بعد از کودتا وزیر جنگ بود در دولت مستوفیالممالک نیز همین سمت را داشت. با قدرت یافتن رضاخان که خود داوطلب مقام نخستوزیری بود، مستوفیالممالک در خرداد ۱۳۰۲ استیضاح مدرس را از وزیر خارجه (محمدعلی فروغی) بهانه کرد و استعفا داد. بخشی از سخنرانی او در پاسخ مدرس مشهور است: «...می‌دانم فترت در پیش است و ایام فترت دوره بره‌کشی است و داوطلب صدارت زیاد. آقایان می‌دانند معده ضعیف من تحمل خوردن گوشت ندارد. وانگهی در این ایام کسی باید سر کار بیاید که آجیل بگیرد و آجیل بدهد. من که آجیل‌گیر نیستم ناچار به کسی آجیل نمی‌دهم...» مستوفی در انتخابات مجلس ششم نماینده مجلس شد ولی با شروع جریان تغییر سلطنت قاجار در مجلس حضور نیافت. رضا خان کمی بعد از تاج‌گذاری در اردیبهشت ۱۳۰۵ مستوفیالممالک را به نخستوزیری انتخاب کرد. مستوفیالممالک روز ۲۲خرداد ۱۳۰۵ اعضای کابینه خود را به رضا خان معرفی کرد. ششمین و آخرین دوره نخستوزیری مستوفیالممالک قریب یک‌سال به طول انجامید. ایجاد تشکیلات نوین دادگستری، الغای کاپیتولاسیون و مقدمات احداث راه‌آهن سراسری ایران در دوران زمامداری او انجام گرفت. مستوفی در ظهر روز یکشنبه ۶ شهریور ۱۳۱۱ (۲۴ربیع‌الثانی ۱۳۵۱) در خانه سردار فاخر حکمت در نزدیکی امامزاده قاسم شمیران به دلیل سکته قلبی درگذشت. جنازه او از اختیاریه تا ونک تشییع و در آرامگاه خانوادگی مستوفیالممالک در ونک به خاک سپرده شد. مستوفی به شکار علاقه بسیار داشت و بخش زیادی از ثروت موروثی خود را در این راه خرج کرد. بخش دیگر ثروت وی خرج سفر 7ساله‌اش به اروپا شد. مستوفی بخش بزرگی از املاک پدری خود را وقف کرد و ازجمله باغ‌هایی را در ونک برای احداث دانشگاه برای دختران اختصاص داد. «مدرسه عالی دختران» که بعدها دانشگاه الزهرا نام گرفت در این زمین‌ها ساخته شد.
