وزارت بهداشت و البته سازمان نظام پزشکی از مخالفان جدی طب سنتی و گیاهی هستند. البته این مخالفت، با قرار دادن طب سنتی در کنار طب اسلامی و سوءاستفاده از اعتقادات مذهبی مردم، توجیه می‌شود. وزارت بهداشت در حمایت از پزشکان، با طب سنتی مخالف است و نظام پزشکی نیز این طب را غیراصولی و حتی خطرناک می‌داند. کار به جایی کشیده که سازمان نظام پزشکی تهران بزرگ در مورد «مداخلات غیرمجاز در امور پزشکی و مضر به سلامت عمومی با سوءاستفاده از نام طب اسلامی و طب سنتی»، اطلاعیه صادر کرده است. در بخشی از این اطلاعیه آمده است: متاسفانه با وجود توفیقات دانشگاه‌های علوم پزشکی در زمینه توسعه، پیشرفت و کارایی طب سنتی، عده‌یی افراد بدون علم و آگاهی از طب سنتی و فقط با تمسک به آن در حال ایجاد خسارت، ضررها و آسیب‌های برگشت‌ناپذیر در حوزه سلامت در جامعه هستند که به‌عنوان یک خطر بزرگ سلامت همگان را تهدید می‌کنند. افرادی که بدون داشتن صلاحیت و مجوز قانونی به اسم درمان از طریق طب سنتی و سوءاستفاده از نام مقدس اسلام، مردم را از دریافت درمان‌های صحیح محروم و بیماران را به بیماری‌های دیگر مبتلا یا حتی باعث تهدید حیات آنها می‌شوند، قطعا در پیشگاه خداوند متعال و ملت فهیم ایران و بالطبع قانون مسوول بوده و باید پاسخگوی این خسارت‌های غیرقابل جبران باشند. سازمان نظام پزشکی تهران ضمن هشدار جدی و محکوم کردن شدید مداخلات و بدعت‌های غیرمجاز و غیرعلمی افراد فاقد صلاحیت در امور سلامت، از تمام توان و ظرفیت قانونی خود برای مقابله با این سودجویان و تخلفات سنگین آنها استفاده کرده و صیانت از سلامت آحاد جامعه را تکلیف شرعی و قانونی خود می‌داند.
