سرانجام پس از 3 سال کشمکش، وزارت اقتصاد و وزارت صنعت توافق کردند که سامانه جامع گمرکی به سامانه جامع تجارت متصل شود. سوءاستفاده متخلفان از خلاهای فرآیندی در تجارت، یکی از دلایل قاچاق از مبادی رسمی کشور است؛ فرآیندی که با ارایه اطلاعات متناقض به دستگاه‌های دخیل در فرایند تجارت یا ارایه اسناد جعلی به آنها، به ورود غیرقانونی کالا می‌انجامد. برای از بین بردن این خلا، در دی‌ماه سال ۱۳۹۲ قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز در قالب ۷۷ ماده پس از ۲ سال بررسی مفصل توسط نمایندگان مجلس تصویب و به دولت ابلاغ شد. پس از ابلاغ این قانون، با وجود اینکه کارشناسان و تولیدکنندگان بر ضرورت اجرای هر چه سریع‌تر این قانون تاکید می‌کردند، اما تیم اقتصادی دولت یازدهم تمایل چندانی به اجرای این قانون نداشت و وزرای راه، اقتصاد و صنعت به صورت جداگانه مخالفت خود را اعلام می‌کردند. در نهایت دولت تصمیم به اصلاح این قانون گرفت و پس از دو سال از ابلاغ قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز در آبان ماه سال ۱۳۹۴، اصلاحیه برخی از بندهای این قانون را به تصویب مجلس رساند.
عدم اتصال سامانه جامع گمرکی به سامانه جامع تجارت، یکی از خلاء‌هایی بود که مورد سوءاستفاده قاچاقچیان قرار می‌گرفت. حال پس از گذشت نزدیک به ۳ سال، وزارت امور اقتصادی و دارایی و وزارت صنعت، معدن و تجارت اقدام به امضای توافقنامه‌ای جهت اجرای این قانون کردند تا از این طریق دیگر بهانه‌ای برای عدم ارایه اطلاعات باقی نماند. به گزارش مهر، این توافقنامه پیش از استیضاح و رای عدم اعتماد مجلس به مسعود کرباسیان، به امضای محمد شریعتمداری، وزیر صمت و کرباسیان، وزیر اقتصاد رسیده است. در متن این توافقنامه آمده است: «این توافقنامه به همراه تمامی شرایط عمومی و اختصاصی آن یک مجموعه غیرقابل تفکیک است که فی مابین وزارت صنعت، معدن و تجارت به نمایندگی شریعتمداری که از این پس وزارت نامیده می‌شود و وزارت امور اقتصادی و دارایی به نمایندگی کرباسیان طبق مقررات و شرایطی که در اسناد و مدارک این توافق نامه درج شده است منعقد می‌گردد».
طبق ماده ۱ این توافقنامه، مدل ارتباطی سامانه جامع تجارت و سامانه پنجره واحد گمرکی در زنجیره تجارت به منظور هم افزایی سامانه جامع تجارت و سامانه پنجره واحد گمرکی و بر اساس احترام به قواعد کسب و کار هر یک از دستگاه‌ها و توجه به وظایف قانونی فوق الذکر تدوین و مورد توافق طرفین قرار می‌گیرد. از سوی دیگر، در ماده 2 این توافقنامه قوانین و اسناد بالادستی شامل «قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز-مصوب 3/10/92 و اصلاحیه 21/7/94 (مواد ۵، ۶ و ۱۳) و آیین نامه‌های اجرایی مرتبط با آن»، «قانون امور گمرکی-مصوب 22/8/90 (بند ج ماده ۲) »، «قانون مقررات صادرات و واردات 4/7/72»، «قانون بهبود فضای کسب و کار-مصوب 27/12/90 (ماده ۸) »، «قانون رفع موانع تولید رقابت پذیر-مصوب 1/2/94 (بند ج ماده ۲۸) » و «آیین نامه‌های مرتبط با قوانین فوق الذکر» هستند.
همچنین بر اساس ماده ۳ این توافقنامه، وزارت صنعت مکلف است در سامانه جامع تجارت برای کالاهایی که در فرآیندهای سامانه جامع تجارت اقدامات لازم را انجام داده به محض انجام اقدامات در سامانه جامع تجارت، پرونده مربوطه را با یک کد یکتا و شماره ثبت شفارش با سرویس پوش در اختیار گمرک قرار دهد. در ادامه ماده 3 آمده است: همه اطلاعات قبل گمرک شامل اطلاعات بازرگان (کارت بازرگانی) اطلاعات ثبت سفارش (در کالاهای مشمول شناسه مستند به HS کالا به انضمام شناسه و در کالاهای غیرمشمول مستند به اطلاعات کد HS) مجوز، تخصیص ارز و ... است. از آن سو، در ماده ۴ این توافقنامه آمده است که گمرک جمهوری اسلامی ایران بر اساس قانون گمرکی و قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز بعد از دریافت اظهارنامه متقاضی در سامانه پنجره واحد تجارت فرامرزی و انجام فرآیندهای قانونی خود، نسبت به تبادل مستقیم اطلاعات مرتبط با بانک و سایر دستگاه مجوز‌دهنده اقدام و همزمان (بر خط و به صورت سرویس پوش) اطلاعات مربوطه را به سامانه جامع تجارت ارسال نماید.
ماده ۵ این توافقنامه نیز در خصوص ضوابط مربوط به تطبیق اظهار گمرکی با اطلاعات کالای ثبت سفارش شده دارای الزام شناسه است که در تبصره آن چنین آمده است: « در ثبت سفارش کالاهایی که شناسه آنها الزامی است ثبت سفارش بر اساس کد HS همراه با مشخصات شناسنامه کالا (درج کد شناسه) انجام و در ثبت سفارش کد مربوطه درج و به گمرک به صورت پوش با رعایت ماده ۳ ارسال خواهد گردید». طبق ماده ۱۱ این توافقنامه، باتوجه به کمبود منابع ارزی و امکان تغییر ارز تامین شده با ارز اظهار شده مقرر گردید استعلام گمرک از بانک ملاک عمل قرار گیرد. از دیگر سو، در ماده ۱۲ آمده است که هر گونه اصلاح ثبت سفارش قبل از اظهار کالا توسط متقاضی به گمرک باید از بستر سامانه جامع تجارت به اطلاع سامانه امور گمرکی برسد. ماده ۱۳ این توافق نامه نیز اشاره به آن دارد که به محض اظهار گمرکی متقاضی به صورت پوش، اطلاعات لازم جهت جلوگیری از ویرایش به سامانه جامع تجارت توسط گمرک اعلام خواهد شد. در ادامه متن این توافق نامه آمده است: «این توافق نامه در دو نسخه و ۱۳ ماده و ۴ تبصره و ۳ بند در تاریخ 7/5/97 به امضا طرفین رسیده و از تاریخ امضا معتبر و لازم الاجرا است. امید است در ظل توجهات حضرت ولی عصر و همفکری و همکاری متقابل نتایج ارزشمندی حاصل گردد و رضایت خداوند بزرگ را در پی داشته باشد.»
