موضوع پرداخت مطالبات مراکز طرف قرارداد بیمه‌های سلامت و تامین اجتماعی، باعث بروز مشکلات عدیده‌ای برای خدمات رسانی به مردم و بیمه‌شدگان شده است، به‌طوری‌که در این بین، داروخانه‌ها به عنوان رگ حیاتی عرضه داروهای بیماران، به‌شدت تحت فشار مشکلات نقدینگی قرار گرفته و آن‌طور که باید و شاید نمی‌توانند خدمات را به نحو مطلوب به مردم و بیماران ارایه دهند.
به دنبال بروز نوسانات ارزی، اغلب شرکت‌های دارویی در همکاری با داروخانه‌ها، فروش نقدی دارو را مورد نظر قرار داده‌اند و این در حالی است که داروخانه‌ها به لحاظ قراردادهایی که بیمه‌ها دارند، مجبورند پول نسخه‌های فروش دارو را با تاخیرهای چند ماهه دریافت کنند. در واقع، پرداخت مطالبات داروخانه‌ها همواره یکی از دغدغه‌های زنجیره دارو در کشور بوده و هست. در روزهای اخیر، مدیرعامل سازمان بیمه سلامت عنوان کرده که پرداخت‌های داروخانه‌ها به روز شده و از همین‌رو، داروخانه‌ها شرایط بهتری به لحاظ نقدینگی دارند. اما، این ادعا از سوی دبیر انجمن داروسازان تهران رد شد. محمدرضا دری، اظهارات طاهر موهبتی مدیرعامل سازمان بیمه سلامت را فقط یک ادعای تبلیغاتی دانست و به مهر گفت: وقتی هنوز پول اسفند ۹۶ داروخانه‌ها را نداده‌اند، چگونه می‌توان عنوان داشت که پرداخت‌های داروخانه‌ها به روز شده است.
در همین حال، سید مهدی سجادی دبیر انجمن داروسازان ایران، در نقطه مقابل اظهارات دبیر انجمن داروسازان تهران، ادعای مدیرعامل سازمان بیمه سلامت را تایید کرده و گفته است که پرداختی‌های بیمه سلامت به داروخانه‌ها تا خرداد ۹۷ انجام شده و در این ماه نیز پرداخت تیر ۹۷ انجام می‌شود. به گفته سجادی، پرداختی‌های سازمان بیمه سلامت به داروخانه‌ها تقریبا به روز است. البته، آخرین پرداختی سازمان تامین اجتماعی به داروخانه‌ها مربوط به فروردین ۹۷ است.
اما محمدرضا دری دبیر انجمن داروسازان تهران، عنوان کرده است که برخی داروخانه‌ها تا خرداد ۹۷ و برخی نیز تیر ۹۷ را دریافت کرده‌اند که اکثر داروخانه‌های استان تهران شامل خرداد ۹۷ بوده‌اند.
او در عین حال وضعیت داروخانه‌های بیمارستانی را به مراتب وخیم‌تر از داروخانه‌های شهری دانست و گفت: داروخانه‌های بیمارستانی اوضاع خرابی دارند، به‌طوری‌که شب‌ها از ارایه خدمات به بیماران محروم هستند و در نتیجه مردم باید نیمه شب در شهر سرگردان شوند. به گفته دبیر انجمن داروسازان تهران، داروخانه‌های بیمارستانی در تهران از دی و بهمن ۹۶ طلب دارند.
از سوی دیگر، کوروش فرزین مدیرکل بیمه سلامت استان تهران، آخرین وضعیت پرداخت مطالبات مراکز درمانی و دانشگاه‌های علوم پزشکی تهران را مورد اشاره قرار داده و گفته است که از ابتدای سال ۹۷ پرداخت مطالبات به صورت علی‌الحساب تا بیستم هر ماه آغاز شد به‌طوری‌که تاکنون مطالبات مرداد ماه پرداخت شده و در حال رایزنی برای پرداخت علی‌الحساب شهریور ماه هستیم.
او ادامه داد: از آنجایی که در بخش دولتی دانشگاهی اسناد بستری با یک ماه تا ۴۵ روز تاخیر و اسناد سرپایی پنجم تا پانزدهم هر ماه به دست ما می‌رسد قرار بود براساس تفاهمنامه‌ای که با مراکز دانشگاهی داشتیم در سه ماهه اول سال ۹۷ بدون تحویل اسناد به صورت علی‌الحساب پرداخت کنیم ولی از سه ماهه دوم سال پرداخت علی‌الحساب به شرطی انجام می‌شود که اسناد ماه قبل بطور کامل تحویل داده شود. فرزین در خصوص پرداخت مطالبات مراکز خصوصی نیز گفت: پرداخت مطالبات مراکز خصوصی دیرتر از بخش دولتی کلید خورد. براساس بودجه و دستورالعمل سازمان قرار بود در بخش خصوصی غیر از مراکز دولتی دانشگاهی ۶۰ درصد مطالبات به صورت علی الحساب پرداخت شود ولی با توجه به اینکه این اقدام دیرتر شروع شد و مراکز خصوصی اسنادشان را ارسال کرده بودند، به جای پرداخت علی‌الحساب؛ کل مطالبات فروردین، اردیبهشت و خرداد ۹۷ مراکز دولتی غیردانشگاهی، خصوصی و خیریه، بطور قطعی پرداخت شد.
او افزود: مطالبات داروخانه‌های دولتی به صورت علی‌الحساب تا مرداد ۹۷ پرداخت شده و در حال پرداخت علی‌الحساب مطالبات شهریور هستیم. مطالبات مراکز خصوصی نیز تا خرداد ماه بطور کامل محاسبه و پرداخت شده است. مدیرکل بیمه سلامت استان تهران درخصوص مطالبات باقی مانده داروخانه‌ها و دانشگاه‌ها در بخش دولتی و خصوصی از سال ۹۶ نیز گفت: مطالبات داروخانه‌های دولتی تا پایان اسفند ماه ۹۶ به صورت قطعی تسویه شده است یعنی داروخانه‌های بخش سرپایی دولتی هیچ مطالبه‌ای از سازمان ندارند. مطالبات داروخانه‌های بخش خصوصی نیز تا پایان بهمن ماه ۹۶ بطور کامل تسویه شده است که در صورت پرداخت اسفند ماه، مطالبات این بخش نیز بطور کامل تسویه می‌شود.
