شهرداری یک سازمان بزرگ با معاونت های تخصصی مختلف است و به همان نسبت گستردگی در بخش‌های اجرایی، نیاز است که اقدامات مطالعاتی هم در بخش های مختلف انجام شود. واقعیت این است که شهرداری تهران طی سال های گذشته در حوزه پژوهش ها چندان موفق عمل نکرده و شاهد آن نیز پروژه های عمرانی سطح شهر است که به جای حل مشکل، مشکل دیگری به شهر افزوده‌اند. یکی از دلایل ناموفق بودن این امر عدم استفاده از نخبگان دانشگاهی و دانش‌آموختگان رشته های مرتبط با برنامه ریزی شهری است. در بحث اقتصادی پروژه ها نیز با توجه به نبود یک درآمد پایدار برای شهرداری استفاده از نخبگان دانشگاهی باعث تعدیل در قیمت نهایی پروژه ها خواهد شد. به عنوان مثال، در اکثر شهرهای ما زیرگذر و روگذرهای متعددی احداث شده است که بعضاً به دلیل جانمایی غلط آنها نه تنها مشکل ترافیک برطرف نشده بلکه باعث ترافیک بیشتر و معضل های دیگری نیز شده است.
مشکل بعدی مرکز مطالعات شهرداری به گفته کامبیز مصطفی پور، کارشناس امور شهری این است که موضوعات را مساله محور پیگیری نمی کنند. در واقع مسایل باید از درون سازمان مطرح و حل شوند.مصطفی‌پور بر عکس برخی کارشناسان معتقد است استفاده از پژوهش های دانشگاهی کمک چندانی به برنامه ریزی صحیحی شهری نمی کند. وی معتقد است، «در شرایط فعلی سازمان ها نیازی به مراکز پژوهشی با سبک و سیاق دانشگاه ها ندارند، زیرا پژوهش در دانشگاه ها علم برای علم است نه پژوهش های کاربردی مد نظر یک سازمان. به دلیل حضوراستادان دانشگاهی در مرکز مطالعات که با بدنه شهرداری فاصله دارند، پژوهش های آنها نمی‌تواند کاربردی باشد.»
به گفته او، پژوهش ها باید مبتنی بر مسایل شهر تهران بوده و حتما مساله محور باشد. هر استاد و کارشناسی در هر رشته مدیریت شهری را می‌توان برای تحقیق به کار گرفت و لزومی ندارد که مسوولیت را به آن ها واگذار کنیم. با این روش می توان از تمام ظرفیت دانشگاهی کشور در خدمت پژوهش پروژه‌های شهری در آورد. شیکاگو مثال مناسبی در این مورد است.مرکز تحقیقات شیکاگو فقط به تحقیق و پژوهش در زمینه پروژه های شهری می پردازد و سال‌هاست که در این زمینه موفق عمل می کند و می توان از آن الگو برداری کرد.
موازی‌کاری در حوزه پژوهش از دیگر مشکلاتی است که شهرداری با آن مواجه است. تقریبا تمام معاونت ها و نیزشهرداری های مناطق، مرکز یا دفتری با نام پژوهش و مطالعات دارند و این موضوع باعث برهم ریختگی کارها و بی‌نظمی در اجرای پروژه ها شده است.موردی که محمد مهدی برادران کارشناس شهر از آن به عنوان تناقض در برنامه ریزی شهر تهران از آن نام برد. بنابراین اگر ساختار پژوهش را اجرایی ببینیم و آن را ازساختار سازمانی خارج کنیم شاید بتوان تا حدودی آن را مدیریت کرد. قطعا هر حوزه ای برای خودش مطالعاتی انجام می‌دهد و مشخص نیست که در مجموع چه اعتبار برای تمام این پروژه ها هزینه می شودکه می توان آن ها را با هم ادغام کرد اما در اجرا جداگانه عمل کنند.
اکنون همه این اصل را پذیرفته‌اند که انجام پژوهش در طرح های عمرانی شهری ضروری است اما بر سر اینکه پروژهش ها کاربردی بوده یا نبوده اختلاف نظر وجود دارد. دلیل کاربردی نبودن برخی پژوهش ها به مساله‌محور نبودن آن ها بر می گردد.برای کاربردی کردن این تحقیق ها باید از روش های نوین پژوهش استفاده کرد.مانند برگزاری کارگروه های مهندسی ارزش که یکی از تکنیک های جدید درجهان است که برای کاهش هزینه‌های پروژه ها استفاده می شود. در این کارگروه تلاش می‌شود تا پروژه ای را که قبلا مطالعات آن انجام شده توسط نخبگان و مشاوران متخصص بازخوانی کرده تا کیفیت پروژه را افزایش داده، هزینه ها و نیز طول مدت اجرای پروژه را کاهش دهیم.
حجت نظری عضو شورای شهر تهران نیز معتقد است موازی‌کاری بسیاری در این حوزه انجام می شود. به گفته او بخشی از مطالعاتی که در مرکز مطالعات شهرداری صورت می گیرد جنبه کاربردی ندارند و صرفا نظری هستند بنابراین چنانچه مرکز مطالعات ذیل شورا تعریف شود و در هر معاونت و منطقه دفاتری برای پژوهش های موضوعی دایر باشد هم از موازی‌کاری ها کاسته می شود و هم پژوهش هاجنبه اجرایی بیشتری خواهند داشت.
سجاد خسروی، کارشناس ارشد برنامه ریزی شهری نیز معتقد است، دستیابی به توسعه پایدار و پیشرفت اقتصادی در شهر فقط از راه پژوهش و مطالعه میسر می شود، پروژه های تکراری در شهرها کاهش پیدا می‌کند، یکپارچگی و بهره وری افزایش می یابد و نوآوری و خلاقیت به همراه خواهد داشت. پس پژوهش و مطالعه باید در اولویت برنامه ها، طرح و پروژه های عمرانی شهرها قرار گیرد.
به گفته وی، اهمیت تحقیق و پژوهش در زمینه مسائل شهر نگاهی آماری و تحلیلی به شهر و مسائل آن را طلب می کند. این نگاه تحلیلی با بهره گیری از نظرات کارشناسانه می تواند مدیریت شهری را با نظارت شورا و مدیریت اجرایی شهرداری به سوی بالندگی و توسعه متوازن هدایت کند. این در حالی است که اکنون بسیاری از تصمیم گیری ها و قانون‌گذاری ها در زمینه مسائل شهری به دلیل فقدان مطالعه دقیق و همچنین ناهماهنگی با شرایط موجودخسارات اقتصادی و آسیب های اجتماعی فراوانی را در پی داشته است.
از سوی دیگر، تجربه نشان داده که طرح ها و برنامه هایی که با بررسی دقیق آماری و نگاه تحلیلی به انجام رسیده است از سطح بهره وری مطلوبی برخوردار است. امروزه مسئولان و مدیران آگاه شهری به اهمیت این نکته پی برده‌اند که زندگی شهری زمانی دلپذیر و رضایت بخش است که برنامه ریزی شهری بر اصول علمی و استفاده حداکثری از ظرفیت های انسانی و طبیعی استوار شده باشد. در این مسیر ابتدا باید نیازهای شهروندان شناسایی و سپس با تلفیق داده های موجود و اعمال نظر متخصصان، برنامه های شهری تدوین شود.
شرایط کنونی بیانگر این است که طی سال های گذشته به دلیل بی‌توجهی یا کم توجهی به امر پژوهش و عدم انجام مطالعات کارشناسی شهر تهران متحمل ضرر و زیان فراوانی شده است. بنابراین شهرداری تهران نیاز به یک تحول جدی در بخش مطالعاتی دارد.شهرداری باید سرمایه‌گذاری مناسبی در این خصوص انجام دهد، چرا که هرچه سرمایه‌گذاری در بخش پژوهش انجام شود با سودی بیشتر باز گردانده خواهد شد.این پژوهش ها زمانی کاربردی خواهند شد که از نظرات متخصصان استفاده شود و دیدگاه ها و برنامه های پیشنهادی آن ها در پروژه‌های شهری اعمال شود.
