صدور نسخه الکترونیک، طرح پزشک خانواده و نظام ارجاع، طرح‌هایی هستند که پایه‌های طرح تحول سلامت هستند و هزینه‌ها طرح تحول باید قبل از اجرا، با اجرایی شدن این طرح‌ها کاهش پیدا می‌کرد. این اتفاق نیفتاد و طرح تحول اجرا شد و در حالی که کسری بودجه این طرح را بحران رو‌به‌رو کرده، بودجه طرح پزشک خانواده نیز برای سال 97 نصف شده است.
معاون بهداشت وزارت بهداشت با گلایه از نصف شدن بودجه برنامه پزشک خانواده در لایحه بودجه سال ۹۷، گفت: با وجود اینکه انتظار دارند بتوانیم برنامه پزشک خانواده و نظام ارجاع را اجرا کرده و پرونده الکترونیک سلامت را مستقر کنیم، اما اعتبارمان را نسبت به سال ۹۵ نصف کرده‌اند.
علیرضا رییسی درباره اعتبارات حوزه بهداشت در لایحه بودجه سال ۹۷، گفت: در سال ۹۵ اعتبار ما در بحث پزشک خانواده شهری بالغ‌بر ۲۰۰۰ میلیارد تومان بود که این اعتبار از محل یک درصد ارزش افزوده تامین می‌شود. متاسفانه این اعتبار در سال ۹۶ نصف شد و به حدود ۱۰۰۰ میلیارد تومان رسید. تاکنون هم که در اواخر برج ۹ هستیم، کمتر از ۳۰درصد همین اعتبار را به ما تخصیص داده‌اند. او با بیان اینکه متاسفانه در لایحه بودجه سال ۹۷ هم همین رقم تکرار شده است و اعتبار ۱۰۰۰ میلیاردی را برای این حوزه تعیین کرده‌اند، افزود: با وجود اینکه از ما انتظار دارند تا بتوانیم برنامه پزشک خانواده و نظام ارجاع را اجرا کرده و پرونده الکترونیک سلامت را مستقر کنیم، اما اعتبارمان را نسبت به سال ۹۵ نصف کرده‌اند. این موضوع قطعا ما را دچار یکسری چالش‌ها خواهد کرد.
معاون بهداشت وزیر بهداشت درباره برنامه‌های حوزه بهداشت در سال ۹۷، به ایسنا گفت: در سال ۹۷ در ابتدا بحث تکمیل پرونده الکترونیک سلامت و استقرار نظام ارجاع را پیش می‌بریم و در مرحله بعد اجرای برنامه پزشک خانواده جزو اولویت‌های ماست. در سال ۹۷ قرار است برنامه‌هایمان را ذیل پرونده الکترونیک طوری گسترش دهیم تا زمینه را برای اجرای نظام ارجاع و پزشک خانواده فراهم کنیم. البته ما به صورت لایه‌لایه کار را پیش می‌بریم و پایلوت نخواهیم داشت.
