پس‌ازآنکه سید‌حسن قاضی‌زاده‌هاشمی وزیر سابق بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، به دلیل مسائل بودجه‌ای بخش سلامت از همراهی با دولت دوازدهم استعفا داد؛ حسن روحانی در حکمی سعید نمکی را به عنوان سرپرست نظام سلامت کشور معرفی کرد. نمکی که پیش‌ازاین معاون امور علمی، فرهنگی و اجتماعی سازمان برنامه‌وبودجه بود در تازه‌ترین اظهاراتش به عنوان سکان‌دار فعلی نظام سلامت بابیان این نکته که طرح تحول سلامت «طرح دولت روحانی» است، تأکید کرده: «قطار طرح تحول سلامت را در هیچ ایستگاهی نگه نخواهیم داشت.»
طرح تحول نظام سلامت در حالی در دولت یازدهم و دوازدهم اجرا شد که بحران دارو در سال‌های 91 و 92 رقم پرداختی مردم را به بیش از 60 درصد در مراکز دولتی رسانده بود. بااین‌حال به گفته قاضی‌زاده هاشمی وزیر سابق بهداشت، دولت در سخت‌ترین شرایط بودجه و خزانه با کمک مجلس نهم اعتباراتی را به حوزه وزارت بهداشت تخصیص داد که حاصل آن بیمه شدن 11 میلیون ایرانی بود؛ آرزویی که 20 سال بر زمین‌مانده بود. بااین‌حال به اعتقاد صاحب‌نظران اقتصاد سلامت، «تأمین منابع مالی پایدار» ازجمله چالش‌های اجرای این طرح در دولت تدبیر و امید است که نتیجه آن امروز در بدهی سنگین بیمه‌ها به مراکز دولتی و به‌خصوص داروسازی و صنایع وابسته به آن نمایان شده است. محمود نجفی عرب عضو هیات نمایندگان اتاق ایران و رییس کمیسیون اقتصاد سلامت اتاق تهران در گفت‌وگو با «پایگاه خبری اتاق ایران» گفت: طرح تحول سلامت فی‌نفسه طرحی مردمی و بسیار در حوزه بهداشت و درمان حائز اهمیت است؛ بااین‌حال این طرح از ابتدا نیازمند ایجاد زیرساخت‌هایی بود و هنوز هم هست؛ ولی آن‌چنان‌که باید به آنها پرداخته نشد. به همین دلیل بار مالی طرح تحول سلامت به‌شدت افزایش یافت و با روند فعلی هم روزبه‌روز بر هزینه‌های اجرای این طرح افزوده خواهد شد. این فعال صنعت دارو بابیان این نکته که طرح تحول سلامت از دستاوردهای دولت تدبیر و امید است و دولت نمیتواند اجرای این طرح را متوقف کند، تأکید داشت: درعین‌حال، دولت دوازدهم نمیتواند جوابگوی منابع مالی موردنیاز اجرای این طرح باشد. مگر اینکه دولت اصلاحاتی را که از اول به عنوان زیربنا از طرف صاحب‌نظران برای تداوم طرح تحول سلامت پیشنهاد داده‌شده بود، اجرا کند. به اعتقاد عضو هیات نمایندگان اتاق ایران سه طرح «نسخه الکترونیک»، «پزشک خانواده » و «سیستم ارجاع» ازجمله الزامات اجرای طرح تحول سلامت هستند تا از هزینه‌های آن کاسته شود.
نجفی عرب تأکید کرد: بسیاری از اقداماتی که در حال حاضر در حوزه درمان صورت می‌گیرد چون از فیلترهای موردنیاز عبور نکرده، بنابراین اصلاً نیازی به انجام آنها در شرایط فعلی نیست؛ اما اگر طرح پزشک خانواده اجرا شود جلوی بسیاری از مراجعات غیرضروری به بیمارستان‌های دولتی را خواهد گرفت. اینکه هزینه‌های درمان کاهش شدید پیدا کرده است اتفاق بسیار مهم و مطلوبی است اما نقطه ضعف شدید در این است که عملا سایر بخش‌ها فراموش شده است مانند حوزه تغذیه یا نظام پرستاری که معضل بسیار جدی در آن داریم و در طرح تحول سلامت آسیب دیده است. وی تصریح کرد: تداوم طرح تحول سلامت به شیوه فعلی، اقتصاد سلامت را به‌خصوص در بخش خصوصی دچار مشکلات فراوان‌تری خواهد کرد. همانطور که در حال حاضر شاهدیم که اقتصاد داروخانه‌ها، شرکت‌های داروسازی، پخش دارو و تجهیزات پزشکی به‌شدت مختل شده است؛ به‌طوری‌که دوره وصول مطالبات در هر یک از این بخش‌ها به بیش از 400 روز رسیده است. نجفی عرب با اشاره به سهم بیمه سلامت در لایحه بودجه 98، افزود: در حال حاضر مجموع بدهی سازمان بیمه سلامت بیش از بودجه‌ای است که برای این سازمان در نظر گرفته‌شده است؛ حال در نظر بگیرید اگر قرار باشد روند اجرای طرح تحول سلامت به همین منوال پیش رود، عملاً نظام سلامت زمین‌گیر خواهد شد و با این شرایط، فشار ناشی از عدم انطباق عملکرد با بودجه حوزه سلامت بر دوش شرکت‌های دارویی و تجهیزات پزشکی بخش خصوصی سنگینی می‌کند.
