بی‌تردید ساختار سازمانی بهینه و مطلوب یکی از ابزارهای مناسب برای تحقق اهداف و استراتژی‌های تعیین شده توسط بخش‌های مختلف است و با تغییر برخی از اهداف، کشورهای مختلف نسبت به تغییر ساختارهای اداری و سازمانی خود اقدام می‌کنند. با این حال باید به این نکته توجه کرد که هرگونه تغییر غیرهدفمند در ساختار وزارتخانه‌ها بدون در نظر گرفتن اهداف آنها، دارای هزینه‌هایی از نظر اداری، ساختاری و مدیریتی است و به واسطه ایجاد تشتت سازمانی و هزینه‌های سربار، آسیب‌شناسی دلایل تغییر ساختار از اولویت بالایی برخوردار است.
صمد مرعشی معاون پارلمانی اتاق تعاون ایران و نماینده ادوار مجلس شواری اسلامی، با بیان این مطلب ابراز داشت: ساختار مطلوب این وزارتخانه باید ضمن هماهنگی میان سیاست‌های کلان بازرگانی بتواند ضامن تدوین و اجرای استراتژی توسعه صنعتی در راستای حمایت از تولید و اقتصاد مقاومتی باشد.
معاون پارلمانی اتاق تعاون ایران و نماینده ادوار مجلس شورای اسلامی، با تاکید به اهمیت یکپارچگی میان سیاست‌های تجاری و تولیدی و تجربه موفق این ادغام در سال 1390 تاکنون برای رفع تعارض‌های میان بخش تولید و تجارت به بیان دلایل موافقت با ادغام و مخالفت با انفکاک این دو حوزه از یکدیگر پرداخت. وی گفت: ضرورت ارتباط تنگاتنگ فعالیت‌های تولیدی و بازرگانی و لزوم یکپارچگی زنجیره تولید تا مصرف برای نفوذ در بازارهای جهانی و حمایت از تولید در راستای سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی، لزوم توجه به نگاه سیستمی زنجیره‌یی شامل سیاست‌گذاری، برنامه‌ریزی، تخصیص منابع، تامین، واردات، تنظیم بازار، تولید، فراوری، توزیع، مصرف، صادرات، نظارت در کنار یکدیگر و پرهیز از نگاه جزیره‌یی بین تولید و بازرگانی، ضرورت هماهنگی میان صادرات و واردات با بخش تولید صنعتی و کشاورزی، اهمیت کوچک‌سازی حجم دولت و ممانعت از گسترش پست‌های دولتی با توجه به سیاست‌های کلی اصل 44 همچنین سابقه بارها ادغام و تفکیک این دو حوزه و توجه به اختلاف نظرها و تعارض‌های میان وزرای این دو بخش در زمان انفکاک، استفاده از تجربه اکثر کشورهای توسعه یافته در تمرکز اختیارات سیاست‌گذاری تولید و تجارت در یک وزارتخانه، ایجاد فضای مناسبتر برای تدوین و تصویب استراتژی توسعه صنعتی و رژیم تجاری کشور در ساختار یکپارچه برای هماهنگی میان برخی تعارض‌های ذاتی دو بخش بازرگانی و تولید، ایجاد زمینه مناسبتر برای جلوگیری از واردات بی‌رویه و واردات کالاهای غیرضرور و مخرب تولید ملی در ساختارهای یکپارچه، ایجاد زمینه مناسبتر برای ایجاد ارزش افزوده در بخش تولید و پرهیز از خام‌فروشی و ایجاد ارزش افزوده در بخش تولید، امکان کنترل بازار و کنترل قیمت‌های نسبی در بازار به‌خصوص محصولات کشاورزی بطوری که بررسی‌ها و تحلیل‌ها حاکی از آن است که دغدغه اصلی در تفکیک وزارتخانه، کنترل بیشتر بر قیمت‌ها و مداخله مستقیم دولت در تنظیم بازار است. رویکردی که در دهه‌های گذشته تکرار شده و عملا مداخله مستقیم دولت در حمایت از تولیدکنندگان و مصرف‌کنندگان تاثیر مثبتی را رقم نزده است و بعضا قیمت‌های بالا و رشد محدود را در اقتصاد ثبت کرده است. تجربه جهانی نیز حاکی از آن است که حمایت از حقوق مصرف‌کنندگان در یک فضای رقابتی در کنار نقش نهادها و انجمن‌های غیر دولتی میسر می‌شود. لذا چنانچه دولت می‌خواهد در تنظیم بازار موفق باشد، نیاز است در سیاست‌ها بازنگری کند همچنین به آسیب‌شناسی این عدم موفقیت بپردازد چاره آن تفکیک وزارت صنعت، معدن و تجارت نیست، امکان وضع نرخ‌های تعرفه و حقوق ورودی بهینه و متناسب با نیاز تولیدکنندگان در کشور، ضرورت توجه به آثار الحاق به برخی سازمان‌های جهانی مانند WTO بر بخش‌های تولیدی و الزامات قانونی و فرادستی از جمله سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی و اجرای اصل 44 قانون اساسی و برنامه ششم توسعه از مهم‌ترین دلایلی است که درخصوص موافقت با ادغام و مخالفت با انفکاک این دو حوزه از یکدیگر مطرح است. از مرعشی درخصوص دلایل طرح دوباره پیشنهاد انتزاع وظایف بازرگانی از وزارت صنعت، معدن و تجارت سوال شد، وی ابراز داشت: به نظر می‌رسد یکی از دلایل طرح دوباره پیشنهاد انتزاع وظایف بازرگانی از وزارت صنعت، معدن و تجارت حجم بالای وظایف این وزارتخانه باشد.
وی افزود: جهت کوچک شدن وزارت صنعت، معدن و تجارت نسبت به واگذاری بسیاری از امور که هیچ ضرورتی برای وجود آنها در وزارت خانه نیست، مانند شرکت نمایشگاه‌های بین‌المللی، سازمان توسعه تجارت، سازمان حمایت از مصرف‌کنندگان و تولیدکنندگان، ستاد تنظیم بازار که می‌توان وظایف و تکالیف این بخش‌ها را به تشکل‌های غیردولتی مانند اتاق‌ها و غیره واگذار کرد که قطعا توسط بخش‌های غیردولتی با هزینه‌یی کمتر و کیفیت بالاتر می‌توان امورات فوق را انجام داد.
