حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی در پی ترور دانشمند هسته‌ای شهید، دکتر محسن فخری‌زاده پیامی صادر کردند.
به گزارش ایسنا، متن پیام به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور جناب آقای محسن فخری‌زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت‌پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم‌نظیر جان عزیز و گرانبها را به خاطر تلاش‌های علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست. دو موضوع مهم را همه دست‌اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه بخش‌هایی که وی بدانها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخش‌های گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت می‌گویم و علو درجات او را از خداوند مسألت می‌کنم. پس از ترور دانشمند هسته‌ای ایران بسیاری از مقامات لشکری و کشوری نسبت به این اقدام ناجوانمردانه واکنش نشان دادند و با دستور رهبری انقلاب در پیامشان، باید در انتظار شناسایی عوامل این ترور و مجازات آنها در آینده نزدیک بود. به دنبال این اتفاق، محمود علوی، وزیر اطلاعات نیز در اعلام کرد: به آگاهی مردم عزیز و قدرشناس کشورمان می‌رساند سربازان گمنام امام زمان (عج)، شناسایی عناصر خودفروخته تروریست این جنایت ددمنشانه را آغاز کرده و انتقام خون شهید عزیز را از مسببان و هادیان جنایت کار خواهند گرفت. شهادت دکتر فخری‌زاده، جدیدترین اقدامی بود که دستگاه‌های اطلاعاتی و جاسوسان وابسته به اسراییل آن را در ایران اجرایی کردند. دولت تل آویو که پیش از نیز بارها نسبت به سوء قصد به جان دانشمندان هسته‌ای ایران اقدام کرده بود و در عملیات‌هایی جداگانه اقدام به شهادت رساندن دکتر علیمحمدی، دکتر شهریاری، داریوش رضایی نژاد و احمدی روشن کرده بود، در گام جدید سیاست‌های خصمانه خود علیه ایران، اقدام به شهادت دکتر فخری‌زاده کرد. فخری‌زاده که از سال‌های قبل در فناوری‌های هسته‌ای و سایر دستاوردهای عملی کشور در خط مقدم فعالیت کرده بود، پیش از این نیز از سوی جاسوسان اسراییل مورد تهدید و سوء قصد قرار گرفته بود و حدود دو سال قبل، نتانیاهو نخست وزیر اسراییل رسما از وی نام برده بود. در پی شهادت فخری زاده، مقامات ایران با محکوم کردن این سیاست‌های تروریستی بار دیگر اعلام کردند که قطعا راه این شهید و مسیر علمی کشور ادامه خواهد داشت و چنین اقدامات خرابکارانه‌ای نمی‌تواند مانع از حرکت ایران به سمت توسعه علمی شود. رییس‌جمهور گفت: همه اتاق‌های فکر و همه دشمنان ایران به خوبی بدانند ملت ایران و مسوولان کشور شجاع‌تر و غیورتر از آن هستند که این اقدام جنایتکارانه را بی‌پاسخ بگذارند. به موقع و مناسب، مسوولان مربوطه پاسخ این جنایت را خواهند داد. حجت‌الاسلام والمسلمین حسن روحانی با اشاره به ترور شهید محسن فخری‌زاده تاکید کرد: مردم کشور ما و مردم جهان در جریان یک اقدام تروریستی بودند که دشمنان ایران علیه یک پژوهشگر و دانشمند ایرانی که ماه‌های اخیر وقت خود را صرف کرونا و پژوهش و ساخت کیت‌ها در این زمینه کرده بود بود، انجام دادند. ایشان برای خودکفایی کشور در دارو و تجهیزات در بخش پژوهشی در وزارت دفاع که مسوول آن بود، کار زیادی را انجام داد و این بخش توانست بخشی از نیازهای مردم را در زمینه مقابله با کرونا تامین کند. وی افزود: این ترور وحشیانه نشان می‌دهد که دشمنان ما در هفته‌های پراضطرابی هستند، هفته‌هایی که احساس می‌کنند دوران فشار آنها کم می‌شود و شرایط جهانی تغییر می‌کند و برای آنها این چند هفته مهم است که حداکثر استفاده را از این روزها ببرند تا هم بتوانند شرایط نامطمئنی را در منطقه به وجود بیاورند و هم توجهات جهانی از ترور و ارعابی که در مناطق اشغالی این روزها به وجود آورده بودند، به مشکلات و مسائل دیگر معطوف شود. روحانی با بیان اینکه ملت ایران هوشمندتر و حکیم‌تر از آنند که در دام توطئه صهیونیست‌ها بیفتند، ادامه داد: آنها در فکر ایجاد یک آشوب و بلوا هستند. بدانند ما دست آنها را از پیش خواندیم و آنها موفق نخواهند شد به اهداف خبیثانه خودشان دست پیدا کنند.
رییس‌جمهور با تاکید بر اینکه هم رژیم صهیونیستی و هم آنها که ضد ایران هستند، بدانند مسیر توسعه کشور و مسیر تحقیقات کشور با سرعت ادامه خواهد یافت، گفت: با از دست رفتن شهید فخری‌زاده، فخری زاده‌های فراوان کمر همت خواهند بست و در این صحنه وجود او که الان در جمع ما نیست جبران خواهند کرد. روحانی تاکید کرد: همه اتاق‌های فکر و همه دشمنان ایران به خوبی بدانند ملت ایران و مسوولان کشور شجاع‌تر و غیورتر از آن هستند که این اقدام جنایتکارانه را بی‌پاسخ بگذارند. به موقع و مناسب، مسوولان مربوطه پاسخ این جنایت را خواهند داد. سرلشکر رشید، فرمانده قرارگاه خاتم الانبیا سپاه نیز اعلام کرد: هرچند شهادت این مدیر ارزشمند، ضایعه دردناکی برای ملت شریف ایران اسلامی و مجموعه علمی و صنعت دفاعی کشور است، اما دشمنان میهن عزیزمان و تروریست‌ها جنایتکار و عوامل آنان بدانند که این اقدام آنان هیچ خللی در اراده راسخ و ایستادگی ملت شریف ایران وارد نکرده و راه آن شهید بزرگوار و خون به ناحق ریخته‌اش سرلوحه ادامه راه دیگر جوان مومن و مدیران انقلابی خواهد بود و راهش هرگز متوقف نخواهد شد. آنچه که در جریان این ترور و واکنش‌هایی که درباره آن از سوی مقامات اروپایی مشخص است، بار دیگر سیاست‌های دوگانه و نامشخص آنهاست. این کشورها در کنار محکومیت ظاهری این اقدام، هیچ واکنشی نسبت به اقدامات خصمانه اسراییل نشان نمی‌دهند. اتحادیه اروپا با صدور بیانیه‌ای ترور دانشمند برجسته ایرانی را اقدامی مجرمانه و در تضاد با اصول حقوق بشر دانست. بنابر گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی اتحادیه اروپا، در این بیانیه با اشاره به ترور فخری‌زاده آمده است: یک مقام دولتی ایران و تعدادی غیرنظامی در یک سری حملات وحشیانه جان خود را از دست داده‌اند. این یک اقدام مجرمانه و بر خلاف اصول حقوق بشر است که اتحادیه اروپا از آنها حمایت می‌کند. در ادامه این بیانیه تصریح شده است: نماینده عالی اتحادیه اروپا به اعضای خانواده افرادی که در این اقدام جان خود را از دست داده‌اند، تسلیت می‌گوید و برای کسانی که احتمالا در این حادثه مجروح شده‌اند، آرزوی سلامتی کامل دارد. همچنین در این بیانیه آمده است: در چنین شرایطی، بیش از هر زمان دیگری مهم است که تمام طرف‌ها خونسردی خود را حفظ کنند و از هر گونه درگیری که به نفع هیچ کس نخواهد بود، پرهیز کنند. محمدجواد ظریف وزیر امورخارجه ایران ضمن محکوم کردن این اقدام تصریح کرد: تروریست‌ها یک دانشمند برجسته ایران را ترور کردند. این بزدلی - که نشانه‌های جدی از نقش اسراییل در آن دیده می‌شود - نشانگر جنگ‌طلبی از سر استیصال مرتکبین این اقدام است. وی افزود: ایران جامعه بین‌المللی - خصوصا اتحادیه اروپا - را به پایان دادن استانداردهای دوگانه شرم‌آور خود و محکوم کردن این عمل تروریستی دولتی فرامی‌خواند. این سیاست‌های دوگانه در حالی بار دیگر خود را نشان داده که اروپا از لزوم برقراری دیپلماسی و مذاکره با ایران برای حل موضوعات هسته‌ای می‌گوید اما در عین حال هیچ برنامه مشخصی برای محکوم کردن اقدامات تروریستی اسراییل و دیگر حامیانش مطرح نمی‌شود.
