حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی رحلت عالم جلیل آیت‌الله حاج سیدمهدی خلخالی را تسلیت گفتند. متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم؛ رحلت عالم جلیل مرحوم آیت‌الله آقای حاج سیدمهدی خلخالی رضوان‌الله‌علیه را به بیت محترم و همه ارادتمندان و شاگردان ایشان در تهران و مشهد تسلیت عرض می‌کنم. ایشان فقیهی عالیقدر و مدرّسی بزرگ بودند و خدمات دینی و علمی با ارزشی به حوزه‌های علمیه و به محیط دینی کشور ارایه کردند. نوشته‌ئی متین در باب حکومت اسلامی مانند دیگر نوشتجات فقهی و اصولی از یادگارهای برجسته ایشان است. از خداوند متعال رحمت و مغفرت و علوّ درجات ایشان را مسألت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای- ۲ دی ۱۳۹۸
