عمده‌ترین چالش‌ها و محدودیت‌های درونی و بیرونی بانک‌ها، در شرایط فعلی ناهمگونی در ساختار نظام بانکی کشور، عدم استفاده از ابزارهای مناسب در سیاست‌گذاری‌های پولی، ساختار سرمایه بانک‌ها، لزوم تطبیق با مقررات بین‌الملل و عدم تطابق نیازهای تامین مالی بخش حقیقی اقتصاد با بضاعت بانک‌هاست
اشکال در ساختار نظام بانکی از عالی‌ترین نهاد نظام پولی کشور یعنی «شورای پول و اعتبار» آغاز می‌شود. در‌حال‌حاضر، از 15عضو این شورا، 10عضو دولتی بوده و تنها یک خبره بانکی، علاوه بر رییس کل، در شورا حضور دارد. بنابراین، لازم است افراد خبره اقتصادی و بانکی مستقل در شورا حضور داشته و علاوه بر این، این نمایندگان، بخش قابل‌توجهی از ترکیب شورا را در دست داشته باشند.
در یک طبقه‌بندی کلی، می‌توان نهادهای فعال در حوزه پولی و بانکی کشور را در یکی از چهار گروه «دولتی»، «دولتی‌های تازه خصوصی‌شده»، «خصوصی (شامل بانک‌هایی با سهامداران نهادی و غیرنهادی)» و «موسسات فعال در بازار غیرمتشکل پولی» جای داد. باتوجه به ماهیت بانک‌های دولتی، این بانک‌ها رسالتی متفاوت از بنگاه‌های اقتصادی دنبال کرده و به‌نوعی مجری سیاست‌های دولت هستند. این بانک‌ها، به‌صورت گسترده‌یی به منابع بانک مرکزی دسترسی داشته و اصولا تحقق اهداف سودآوری برای آنها از درجه اهمیت کمتری برخوردار است.
براساس برنامه، هدف این بود که سهم بانک‌های خصوصی در نظام بانکی، از سال1380 طی یک دوره پنج‌ساله، به 50درصد برسد که بنا به دلایلی این امر محقق نشد. سهم بانک‌های خصوصی در نظام بانکی کشور، در‌حال‌حاضر و پس از گذشت 13سال، حدود 22درصد است. درخصوص به‌کارگیری ابزار نامناسب اجرای سیاست‌های پولی از سوی بانک مرکزی، باید توجه داشت که بانک مرکزی بهتر است همانند بانک‌های مرکزی کشورهای توسعه‌یافته، به‌جای استفاده از ابزار سنتی سپرده قانونی، به‌سوی استفاده از ابزارهای مدرن کنترل پولی مانند عملیات بازار باز، روی آورد. در شرایط فعلی، بالابودن نسبت سپرده قانونی، «هزینه موثر سپرده‌ها» را افزایش داده، بخش قابل‌توجهی از «منابع بانک‌ها» را از دسترس آنها خارج کرده و نهایتا از‌طریق افزایش نرخ سود تسهیلات اعطایی، موجب انتقال هزینه به مشتریان نظام بانکی می‌شود. در تشریح چالش‌های پیش‌رو نظام بانکی باید به چالش مقرراتی اشاره کرد مقررات بال3، در دنیا در حال اجرا بوده و می‌بایست در کشور ما نیز هرچه سریع‌تر پیاده شود. هرچند، پیاده‌سازی این مقررات، پیش‌نیازهایی دارد که باید فراهم باشند.
توجه به «الگوهای قانونگذاری جامع» ازجمله این پیش‌نیازهاست و یکی از پیش‌شرط‌های حرکت به‌سوی اجرای قوانین و مقررات بین‌المللی، استفاده از برخی نهادها نظیر «موسسات رتبه‌بندی اعتباری» است. همچنین، باید توجه داشت که بانک‌های دولتی کشور در بحث کفایت سرمایه وابسته به بودجه دولت بوده و ساختار دولتی بانک‌ها، محدودیت‌هایی را برای آنها به‌همراه دارد. باتوجه به اینکه در بانک‌های خصوصی نیز شرایط افزایش سرمایه مطلوب نیست، شاخص‌هایی مانند بازده حقوق صاحبان سهام در مورد بانک‌های خصوصی، در سال‌های اخیر پایین‌تر از متوسط بازار سرمایه و انتظار سرمایه‌گذاران بوده و همراه‌کردن سهامداران موجود برای شرکت در افزایش سرمایه و نیز جذب سرمایه‌گذاران جدید، به‌سختی محقق خواهد شد. در حوزه نقش تامین مالی بانک‌ها مواردی مانند حجم بالای مطالبات غیرجاری، مسایل پیش‌روی بانک‌ها در تملیک اموال غیرمنقول، ارزیابی غیرواقعی کارشناس رسمی از املاک توثیق‌شده نزد بانک‌ها و مشکلات رخ‌داده در زمینه فروش و رفع معارض املاک مذکور، موانعی جدی در مسیر ایفای نقش تامین مالی بانک‌هاست.
درنتیجه مسایلی مانند وجود تورم دورقمی، نرخ رشد اقتصادی منفی و کوچک‌بودن حجم بازار سرمایه کشور، وام‌گیرندگان مایل به تامین مالی بلندمدت هستند. این موضوع، زمان‌بندی جریان‌های نقدی ورودی و خروجی بانک‌ها را بسیار دشوار کرده است. این در‌حالی است که با تقویت نقش بازار سرمایه در تامین مالی بلندمدت بنگاه‌ها، می‌توان بانک‌ها را به‌سوی تامین مالی کوتاه‌مدت رهنمون ساخت. در پایان باید به سایر عوامل محدود‌کننده بانک‌ها، اشاره کرد و توجه داشت که با وجود سازمان‌های مختلف ازجمله شهرداری‌ها، سازمان امور مالیاتی و... محدودیت‌های متنوعی برای بانک‌ها ایجاد می‌کنند، در این فضا باتوجه به چالش‌ها و محدودیت‌های پیش‌رو، نمی‌توان از بانک‌ها انتظار بهره‌وری بالا و سودآوری مطلوب داشت.
