شورای مرکزی دو فراکسیون اصولگرای مجلس به‌صورت جداگانه برای احراز صلاحیت وزیر پیشنهادی علوم تشکیل جلسه دادند و نتیجه هر دو جلسه منفی بود. رضا صابری عضو شورای مرکزی فراکسیون اصولگرایان درخصوص این جلسه گفت: حتی یک نفر هم از صلاحیت‌ها و سوابق کاری آقای نیلی دفاع نکرد و به نظر می‌رسید همه اعضا با حضور نیلی در وزارت علوم مخالفند. براساس اظهارات یکی از نمایندگان عضو شورای مرکزی فراکسیون رهروان ولایت، این فراکسیون نیز به جمع‌بندی مثبتی درخصوص وزیر پیشنهادی نرسیده است و به احتمال زیاد آنها نیز به وزیر پیشنهادی رای نخواهند داد.
