از مهم‌ترین این نواقص موجود در متن قانون هدفمدی یارانه‌ها با رعایت اختصار و به صورت فهرست وار می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
1- قانون هدفمند کردن یارانه‌ها با این فرض ضمنی نوشته شده است که تعریف مشخصی از یارانه وجود دارد که براساس آن انتقال‌هایی ناکارآمد در جامعه انجام می‌شود. لذا در صورتی که دولت با شکل گفته شده در قانون این یارانه‌های غیرمشهود را به منابع مشهود مبدل و به مصارف ذکر شده برساند، کارآیی اقتصاد افزایش خواهد یافت. بنابراین قانون هدفمند کردن یارانه‌ها تصویری را ایجاد می‌کند که حاصل آن گران کردن قیمت برخی از اقلام کلیدی اثرگذار بر توسعه اقتصادی و تخصیص منابع حاصل از آن به گروه‌های خاص است.
2- در منطق قانون هدفمند کردن یارانه‌ها، یارانه‌های موجود در کشور، یا نادرست است و بایدحذف شود یا شیوه پرداخت یارانه باید از اساس تغییر یابد. نکته مهم اینکه عمل حذف یارانه‌های ذکر شده، در قانون هدفمندی با پرداخت یارانه جدید یا با توزیع منابع نقدی به صورت سرانه و با درخواست متقاضی، انجام شده است. توزیع منابعی که در کلام قانون از محل یارانه آزاد می‌شود، بین دریافت‌کنندگان جدید، بدون ارائه منطق این توزیع و دلیل اولویت آن انجام شده است.
3- قانون هدفمند کردن یارانه‌ها، تنها و به‌طور مستقیم، اصابت یارانه به گروه‌های هدف را مدنظر قرار داده و اساسا توجهی به عوامل موثر بر عرضه و تقاضای بازار انرژی و فرصت‌ها و محدودیت‌های آن در اقتصاد ایران نداشته است. به این ترتیب مشکلات مربوط به ناکارآمدی فرآیندهای تولید، توزیع، مصرف و سرمایه‌گذاری همچنین آلودگی‌های زیست‌محیطی و حتی قاچاق کالاهای یارانه‌یی با هدفمند کردن یارانه‌ها بطور کامل از بین نخواهند رفت.
4-درنظر گرفتن قیمت‌های جهانی یا فوب خلیج‌فارس به‌عنوان پایه‌یی برای قیمت‌گذاری داخلی فرآورده‌های نفتی جای تامل دارد. اولا قیمت‌های جهانی، کاملا وابسته به قیمت نفت خام است که خوداین پارامتر نیز از عوامل متعددی تاثیر می‌پذیرد.
در حالی که تولید فرآورده‌های نفتی در ایران کاملاً وابسته به هزینه تولید داخلی است و راندمان فرآیندهای استحصال فرآورده‌های نفتی از نفت خام و توزیع آنها و همچنین کیفیت محصولات تولید و عرضه شده در ایران بسیار متفاوت از کشورهای دیگر است. ثانیا با مبنا قرار گرفتن قیمت‌های فوب، قیمت‌های داخلی فرآورده‌ها تحت تاثیر نرخ ارز و نوسانات آن نیز قرار می‌گیرد. این امر به‌ویژه با درنظر گرفتن مختصات اقتصاد ایران، نوسانات در قیمت فرآورده‌ها را بیشتر خواهد کرد.
5- بررسی دقیق جوانب مختلف هزینه‌یی و درآمدی برنامه به دلیل وابستگی عواید درآمدی برنامه به قیمت‌های جهانی حامل‌های انرژی که معمولا با نوسانات زیادی همراه است، عملا ناممکن است. به علاوه عمده‌ترین مورد استفاده از قیمت‌های مفروض، قیمت داخلی حامل‌های انرژی است که براساس قانون تا پایان برنامه پنجم توسعه اقتصادی، قیمت داخلی این حامل‌ها باید دست‌کم معادل 98درصد قیمت فوب آنها در خلیج‌فارس باشد. این منطق قیمت‌گذاری که در آن عملا کف قیمت مشخص می‌شود و در هر صورت بازاری هم برای تعیین رابطه عرضه و تقاضا و ایجاد رقابت به‌وجود نمی‌آورد، می‌تواند به صورت یک روند مداوم افزایش قیمت داخلی انواع حامل‌های انرژی تداوم یابد. این روند افزایش قیمت، به ویژه زمانی بیشتر مشهود می‌شود که تغییرات ارزش پول ملی هم با عنایت به نیاز دولت، انجام شود.
