تقویت تفکر ونگرش حاکمیتی در دولت و آموختن آن در این دو وزارتخانه و تفکیک کامل حوزه‌های حاکمیتی و تصدی‌گری در هریک و تنظیم صحیح روابط میان حاکمیت و تصدی، مقدمه ضروری ادغام دو وزارتخانه است که خود اینها یک برنامه پنج‌ساله می‌خواهد. به لحاظ حاکمیتی، سیاست‌گذاری صنعت و تجارت نیز در کنار هم و قویا مرتبط با هم هستند و در اغلب کشورهایی که دولت مقتدر حاکمیتی وجود دارد و دولت گرفتار تصدی و بنگاهداری گسترده نیست، صنعت و تجارت در یک دستگاه یا وزارتخانه سیاست‌گذاری می‌شوند، اما چرا در شرایط ایران ظرف مدت نسبتا کوتاهی ادغام دو وزارتخانه صنایع و بازرگانی با مشکل مواجه شده است و مجددا در احکام برنامه ششم در این زمینه نیز تغییراتی پیش‌بینی شده است که دوباره بازرگانی از صنعت جدا شود! اگر عمیق و نیک بنگریم آیا احکام ادغام وزارت‌های نفت و نیرو و جدا شدن بخش بازرگانی از وزارت صنعت و تجارت، مغایر یکدیگر نیستند؟ و بازتاب نمی‌دهند که شاید هنوز درک عمیق و صحیحی از وظایف اصلی و مفهوم Governance در قوه مجریه ما به وجود نیامده است؟ نکته مهم دیگری هم که باید به‌صورت جدی به آن توجه کرد، این است که مطالعات مهندسی مجدد یا اصلاح ساختار
موسسات و شرکت‌ها و سازمان‌ها، نشان داده است که حتی در بهترین شرایط که به قول معروف همه‌چیز دیده شده باشد و مطالعه شده باشد و مشارکت تمام ذی‌نفعان و کارکنان جلب شده باشد، اصلاحات ساختاری بلافاصله منتج به ارتقای بهره‌وری یک سازمان و بخش (هدف مذکور در حکم ادغام برنامه ششم) نمی‌شود بلکه ابتدا یک دوران نکث و افت در فعالیت سازمان به وقوع می‌پیوندد و به قول استاد ما مرحوم دکتر طوسی، سازمان در چاله تغییر می‌افتد که خود این مساله و نحوه مقابله با آن باید تمهید شده باشد. به همین دلیل تحولات ساختاری باید در شرایطی صورت گیرد که سازمان با مشکلات حاد دیگری مواجه نباشد که بتواند بر چالش تغییر فائق آید و در چاله تغییر زمین‌گیر نشود که در این صورت نقض غرض خواهد شد. در صورتی‌که در شرایط فعلی هر دو وزارتخانه با مسائل و مشکلات فراوانی دست و پنجه نرم می‌کنند. البته گاهی بعضی‌ها با این مسائل این‌گونه برخورد می‌کنند که بالاتر از سیاهی رنگی نیست! جمع‌بندی اینکه قطعا بخش انرژی از نظر سیاست‌گذاری و هدایت و نظارت باید یکپارچه نگریسته شود و در تمام نمونه‌های موفق و دولت‌های پیشرفته نیز چنین است و دارای وزارت انرژی هستند، در ایران
نیز در شرایط مفروض باید وزارت انرژی تاسیس شود. اما به‌نظر می‌رسد در شرایط کنونی کشور یکپارچگی بخش انرژی با ادغام دو وزارتخانه نفت و نیرو صورت نخواهد پذیرفت کمااینکه در هر یک از خود این وزارتخانه‌ها نیز یکپارچگی در سیاست‌گذاری میان زیر بخش‌های آن وجود ندارد. از نظر مسائل و مشکلات مبتلابه این دستگاه‌ها نیز زمان برای ادغام مناسب نیست. اما اینکه در کوتاه‌مدت برای حل مشکل سیاست‌گذاری یک پارچه در بخش انرژی چه باید کرد، بحث و فرصتی دیگر را می‌طلبد.
