اگر قرار باشد به عامل اصلی پیدایش معضلی تحت عنوان «داروخانه‌های اجاره‌یی» در کشور اشاره کنیم، باید انگشت اتهام را به سمت آیین‌نامه تاسیس داروخانه بگیریم. برداشت‌های ناصحیح از این آیین‌نامه و دست بردن‌های گاه به گاه در آنکه عمدتا هم با هدف‌های شخصی انجام می‌شود، عامل اصلی بی‌ثباتی در سازوکار تاسیس داروخانه در کشور است. بسیاری از کسانی که منافعی در تاسیس داروخانه، خارج از روند شفاف و رسمی آیین‌نامه‌یی دارند، با تحت فشار قرار دادن مسوولان امر، به صورت دایم تغییرات ناگهانی در آیین‌نامه به وجود می‌آورند، تا حدی که گاهی دنبال کردن این تغییرات سخت می‌شود. به عنوان مثال، براساس آیین‌نامه تاسیس داروخانه، عامل اصلی برای مکان‌یابی محل داروخانه‌ها، رعایت نسبت جمعیتی آن محل و فاصله داروخانه‌ها از یکدیگر است. با این حال، چندی پیش در شهر لاهیجان که تنها 8 داروخانه وجود دارد، آیین‌نامه تحت فشار افراد خاص، به شکلی تغییر کرد که الزام رعایت نسبت جمعیتی یک داروخانه به ازای هر 7000 نفر، ابتدا به یک داروخانه به ازای هر 6000 نفر کاهش پیدا کرد و سپس به یک داروخانه به ازای هر 5000 نفر رسید تا این عده بتوانند مجوز تاسیس
داروخانه‌شان را دریافت کنند. به دنبال این تغییر، لاهیجان درحال حاضر 14 داروخانه دارد و می‌توان پرسید که آیا آن 8 داروخانه قدیمی این شهر همچنان صرفه اقتصادی دارند یا اینکه به دلیل برخورد سلیقه‌یی با شرایط اعطای مجوزهای داروخانه، سوددهی‌شان را از دست داده‌اند؟
تنها کسی که مجاز به تاسیس داروخانه است، دکتر داروساز است و صد البته عاملی که باعث شده بعضی از داروسازان به سمت اجاره دادن مدارکشان به قیمت‌های بالا بروند، موانعی است که پیش پای آنهاست. همین حالا بعضی از فارغ‌التحصیلان داروسازی 15 سال است که در انتظار دریافت مجوز تاسیس داروخانه‌اند و علاوه بر این مبلغ بسیار بالایی که در ابتدای امر برای تاسیس یک داروخانه مورد نیاز است، بسیاری از کسانی که چنین مبالغی در اختیار ندارند را از گردونه خارج می‌کند. می‌توان پرسید که چرا بانک‌ها به سمت ارایه تسهیلات برای تاسیس داروخانه‌ها نمی‌روند تا بساط چنین فساد‌هایی جمع شود؟ اما اینها تنها مشکلات پیش پای داروسازان نیست. یکی از اصلی‌ترین مشکلاتی که داروسازان و داروخانه‌داران با آن مواجهند، وجود داروخانه‌های زنجیره‌یی است. انجمن داروسازان ایران به جد مخالف این داروخانه‌های زنجیره‌یی است و من بارها این را به عنوان نظر انجمن اعلام کرده‌ام. حتی شاید بتوان یکی دیگر از دلایل گرایش فارغ‌التحصیلان داروسازی به اجاره دادن مدارکشان را وجود همین داروخانه‌های زنجیره‌یی درحال احداث در کشور دانست. مخالفت انجمن داروسازان با این داروخانه‌ها از
اینجا نشأت می‌گیرد که در این داروخانه‌ها، دکتر داروساز تنها تحت نظر سرمایه‌گذار است که می‌تواند فعالیت کند و در واقع این سرمایه‌داران هستند که امور داروخانه را رتق و فتق می‌کنند.
از چالش‌های دیگر داروخانه‌ها موجود چالش‌های مالیاتی‌ای است که داروخانه‌ها با آنها مواجهند. برای مثال به داروخانه‌ها گفته شده که باید گزارش‌های مالیاتی‌شان را هر 4 ماه یک بار ارایه کنند، درحالی که صنف داروخانه‌داران در حوزه سلامت شفاف‌ترین و سالم‌ترین فعالیت‌های مالیاتی را دارد. یا برای مثال به داروخانه‌ها اعلام شد که باید در محل داروخانه دفتر داشته باشند و در غیر این صورت سالانه 400هزار تومان جریمه می‌شوند. در یک مورد دیگر، به داروخانه‌ها اعلام شد که باید مبادرت به راه‌اندازی صندوق در محل داروخانه کنند و در غیر این صورت از معافیت مالیاتی 10میلیون تومانی برخوردار نخواهند شد، هر چند این مورد اخیر، با رای دیوان عدالت اداری باطل اعلام شد. علاوه بر اینها، در طرح نوین نظام سلامت، جایگاهی برای داروسازان در نظر گرفته نشده و این خود محل سوال است.
تمامی موارد ذکر شده باعث می‌شود که دکتر داروساز به جای آنکه در فکر ارایه مشورت دارویی بهتر به بیمار باشد، درگیر حواشی شود و از کیفیت کار او کاسته شود. همین عامل است که به اجاره دادن مدارک داروسازی هم دامن می‌زند.
