اختلاف سازمان امور مالیاتی و صندوق توسعه ملی بر سر اخذ مالیات 10هزارمیلیارد تومانی درحالی است که بنیادها باوجود برخورداری از توان مالی قابل توجه، تا سال 93 از پرداخت مالیات معاف بوده‌اند، ضمن اینکه باتوجه به لایحه بودجه 94، کل مالیات پرداختی نهادهای عمومی 08/0درصد است، اما صندوق توسعه ملی که سهم آن از درآمدهای نفتی با کاهش 12درصدی 20درصد شده است، بخشی از اعتباراتش در قالب تسهیلات به بخش‌های خصوصی و تقویت زیرساخت‌ها برای افزایش سرمایه‌گذاری ارایه می‌شود. با تمام این شرایط درحال حاضر سازمان امور مالیاتی از صندوق توسعه ملی 10هزار میلیارد تومان مالیات می‌خواهد.
با چنین وضعیتی به‌نظر می‌رسد برخی سیاست‌ها درصدد تضعیف صندوق توسعه ملی و تیزتر شدن دندان‌ها برای منابع این صندوق است. این درحالی است که چندی قبل رییس کمیسیون برنامه و بودجه مجلس شورای اسلامی بستن مالیات بر صندوق توسعه ملی را کاملا خلاف قانون خواند و گفت: اگر دولت این بند را از لایحه بودجه حذف نکند، مجلس حتما آن را حذف خواهد کرد. غلامرضا تاجگردون ادامه داد: صندوق توسعه ملی گردش مالی ندارد که دولت قصد داشته باشد از آن مالیات دریافت کند.
علاوه بر این خرید و فروش هم انجام نمی‌دهد بنابراین ماهیت آن با بانک مرکزی تفاوت دارد. صندوق توسعه ملی مسوول حفظ ثروت مردم است و نباید بر ثروت مردم مالیات بست. حمیدرضا فولادگر رییس کمیسیون حمایت از تولید ملی و نظارت بر اجرای اصل 44 قانون اساسی در مجلس درباره وضع مالیات 10هزارمیلیارد تومانی دولت بر صندوق توسعه ملی و اینکه آیا این اقدام قانونی است یا خیر، گفت: دولت معتقد است که صندوق باید مالیات بدهد و مسوولان صندوق می‌گویند که این صندوق ثروت ملی و یک صندوق سرمایه‌گذاری است از این‌رو باید از دادن مالیات معاف باشد. وی با بیان اینکه دولت با صندوق توسعه ملی مانند سایر صندوق‌ها و بنگاه‌ها عمل می‌کند، گفت: قانون منع صریحی درباره وضع مالیات بر درآمد صندوق توسعه ملی ندارد از این‌رو فکر می‌کنم که در این زمینه نیاز به یک استفساریه است. حسینی قائم‌مقام صندوق توسعه ملی بااشاره به جزییات عملکرد صندوق در هشت ماه نخست سال جاری گفت: با سازمان مالیاتی اختلاف مبنایی برای پرداخت مالیات ۱۰هزارمیلیاردی داریم و در برنامه ششم اساسنامه صندوق اصلاح خواهد شد.
