ازجمله نگرانی‌های ایشان، نوع نگاه مسوولان و تصمیم‌گیری‌های آنان در مسائل مختلف کشور بود که آن را در قالب سخنرانی یا تذکر مستقیم به آنان یادآور می‌شدند. در بخشی از پیام امام خمینی به مجمع تشخیص مصلحت نظام و مشخص کردن اختیارات این مجمع، ایشان تذکری به اعضای شورای نگهبان به شرح زیر داده‌اند:
«تذکرى پدرانه به اعضاى عزیز شوراى نگهبان مى‌‌دهم که خودشان قبل از این گیرها، مصلحت نظام را در نظر بگیرند چراکه یکى از مسائل بسیار مهم در دنیاى پر آشوب کنونى نقش زمان و مکان در اجتهاد و نوع تصمیم‌‌گیری‌هاست. حکومت، فلسفه عملى برخورد با شرک و کفر و معضلات داخلى و خارجى را تعیین مى‌‌کند و این بحث‌هاى طلبگى مدارس، که در چارچوب تئوری‌هاست نه تنها قابل حل نیست، که ما را به بن‌‌بست‌هایى مى‌‌کشاند که منجر به نقض ظاهرى قانون اساسى مى‌شود. شما در عین اینکه باید تمام توان خودتان را بگذارید که خلاف شرعى صورت نگیرد- و خدا آن روز را نیاورد- باید تمام سعى خودتان را بنمایید که خداى ناکرده اسلام در پیچ و خم‌هاى اقتصادى، نظامى، اجتماعى و سیاسى، متهم به عدم قدرت اداره جهان نشود».
صحیفه امام؛ ج 21، ص 217-218
