ششم مرداد 1368، نسخه جدید قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران به همه‌پرسی گذاشته شد و به تصویب ملت رسید. در این همه‌پرسی 17میلیون تن شرکت کردند که در این میان 16 میلیون و 800 هزار تن به آن رای مثبت دادند. بدین‌ترتیب بیش از 97.5 درصد مردم رای موافق خود را به اصلاحات اعمال شده در قانون اساسی تازه جمهوری اسلامی ایران پس از بازنگری، اعلام کردند. نزدیک به 10 سال پس از تصویب اولین قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران در تاریخ ۱۲ آذر ۱۳۵۸،
امام خمینی (ره) در چهارم اردیبهشت ۱۳۶۸، چهل روز پیش از درگذشتش در نامه‌ای خطاب به آیت‌الله خامنه‌ای، رییس‌جمهور وقت، هیاتی متشکل از بیست فرد مذهبی و سیاسی و همچنین پنج نماینده به انتخاب مجلس شورای اسلامی را مامور بازنگری و اصلاح قانون اساسی کرد که ریاست این گروه را آیت‌الله علی مشکینی برعهده داشت. سه ماه بعد، پس از درگذشت امام، قانون اساسی بازنگریسته در ۶ مرداد ۱۳۶۸، همزمان با پنجمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری، در همه‌پرسی‌ای با اکثریت آراء 38/97درصد مردم (459/۰۲۵/16 رای مثبت از مجموع 771/۴۵۶/16) به تصویب رسید. بنا بر قانون اساسی اولیه، رییس‌جمهور منتخب مردم موظف بود تا نخست‌وزیر را برای تشکیل کابینه تعیین کند. پس از انتخاب نخست‌وزیر از طرف رییس‌جمهوری و تایید آن از جانب مجلس، نخست‌وزیر مسوول تشکیل کابینه و تعیین وزرا بود. رییس‌جمهور نیز به روابط بین‌المللی کشور و ارتباط با قوای دیگر مثل مجلس و قوه قضاییه می‌پرداخت. اما پس از اصلاح قانون اساسی، مقام نخست‌وزیری حذف شده و اختیار تعیین کابینه به رییس‌جمهور واگذار شد. «مجلس شورای ملی» نامی بود که ایرانیان از زمان انقلاب مشروطه با آن آشنایی داشتند. بعد از انقلاب به دلیل تأسیس جمهوری اسلامی، مجلس نمایندگان شورای ملی در اولین دوره خود عنوان «مجلس شورای اسلامی» را برای خود انتخاب کرد که با ماهیت و نوع نظام اسلامی حاکم همخوانی داشته باشد. در سال ۶۸ و با اصلاحیه قانون اساسی، این نام رسما به مجلس شورای اسلامی تغییر یافت. در اصل۹۹ اولین قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران تصریح شده بود: «شورای نگهبان نظارت بر انتخاب رییس‌جمهور، انتخابات مجلس شورای ملی و مراجعه به آرای عمومی و همه‌پرسی را بر عهده دارد». در اصل۵۷ قانون اساسی اولیه آمده بود: «قوای حاکم در جمهوری اسلامی ایران عبارتند از: قوه مقننه، قوه مجریه و قوه قضاییه که زیرنظر ولایت امر و امامت امت، طبق اصول آینده این قانون اعمال می‌گردند. این قوا مستقل از یکدیگرند و ارتباط میان آنها به وسیله رییس‌جمهور برقرار می‌گردد». پس از اصلاح قانون اساسی این اصل به صورت زیر اصلاح شد: «قوای حاکم در جمهوری اسلامی ایران عبارتند از: قوه مقننه، قوه مجریه و قوه قضاییه که زیرنظر ولایت مطلقه امر و امامت امت بر طبق اصول آینده این قانون اعمال می‌گردند. این قوا مستقل از یکدیگرند».
