روز نهم دی ماه 1287 کریم دواتگر چند تیر به سمت شیخ فضل‌الله شلیک و او را مجروح کرد. ضارب نیز هنگام دستگیری گلوله‌ای به گلوی خود شلیک کرد و مجروح شد ولی پس از مدتی که در زندان به سر برد شیخ ضارب خود را بخشید.
کمیته مجازات نخستین جمع سازمان یافته و هدفمند شکل یافته در یک دهه پس از انقلاب مشروطه بود که راهکار بحران های ملی را در حذف خائنان، جاسوسان و سیاستمداران فاسد می‌دانست. اما پیش از شکل‌‌گیری کمیته مجازات حرکت های فردی با حمایت حامیان پنهان برای حذف برخی چهره‌ها اتفاق افتاده بود و از آن جمله ترور شیخ فضل‌الله نوری به دست کریم دواتگر بود. کریم دواتگر، مردی آشوب‌‌طلب، ماجراجو و از طبقه پایین اجتماع بود. در کارنامه او افزون بر سابقه ترور، سابقه شرارت و بر هم زدن نظم بازار در مقیاس کلان وجود داشت و چندان در بند اصول اخلاقی نبود. حسین آبادیان تصویر دقیقی از او به دست می‌دهد؛ «کریم لمپنی بود که منطقش اسلحه بود و تهدید و ارعاب. این پادو بازار وارد ماجراهایی شد که به قیمت جانش تمام شد. کریم دواتگر اهل زنجان بود. در تهران با محافل افراطی مرتبط شد و همین گروه‌ها او را تشویق به ترور شیخ فضل‌الله نوری کردند.» در مورد محافل افراطی که کریم را به ترور شیخ واداشتند، اطلاع چندانی در دست نیست، آنچه می‌توان گفت این است که او به پشت‌گرمی محافل افراطی و با توجه به روحیه تأثیرپذیر و مذبذبی که داشت، قصد جان شیخ کرد اما در تجربه اول خود از ترور ناکام ماند. جز مجروح کردن شیخ و یکی از یاران و همراهان او در کشتن خود پس از این شکست نیز ناکام ماند. کسروی با توجه به منبع دست اولی که در دست داشته است، از ترور نافرجام شیخ فضل‌الله به دست کریم دواتگر روایتی دقیق و مفصل به دست می‌دهد: «برخی از آزادی‌خواهان که ما نیک نشناخته‌ایم نقشه کشتن او را کشیده جوان بی‌باکی را به‌نام کریم دواتگر، با کسانی به‌آن کار برانگیختند، و آنان شب‌شنبه نوزدهم دی (۱۶ ذی‌الحجه)، فرصتی جسته به‌کار برخاستند، ولی به نتیجه‌‌ای که می‌خواستند نرسیدند. شیخ فضل‌الله نوری کریم را بخشید اما او بعدتر به کمیته مجازات پیوست. زیاده‌‌خواهی‌‌ها، سوءاستفاده مالی از کمیته و تصرف اموال، بی‌مبالاتی، فاش گویی ها و بی‌توجهی به اصول تشکیلاتی و اختفای انجمن، سران انجمن را به این نتیجه رساند که کریم دواتگر را حذف کنند. ابوالفتح‌زاده در اعترافات خود به چگونگی تصمیم‌گیری برای قتل کریم اشاره می‌کند: «... منشی‌زاده بدواً اظهار داشت مساله کریم مربوط به همان سه نفری است که در ابتدای امر کمیته مجازات را تشکیل داده... چون دیدم رفقا درباره از بین بردن کریم دواتگر خیالاتی از قبیل خفه کردن یا مسموم کردن دارند لذا صلاح ندیدم که دست خودمان را به خون کریم از این راه آلوده کنیم بدواً برای دفع کریم با رشیدالسلطان و عبدالحسین ساعت‌‌ساز که با وی اختلاف و ضدیت داشتند وارد مذاکره شدم که کار کریم را به شکل دیگری تمام کنند...» در نهایت در تاریخ ۱۲ رجب ۱۳۳۵ هجری قمری ساعت ۹ بعدازظهر مقابل کلیسای ارامنه واقع در محله سنگلج کریم دواتگر، به دست رشیدالسلطان، سید‌مرتضی و میرزا عبدالحسین ساعت‌‌ساز به قتل رسید.
