بیست و سوم تیر 1362، نخستین دوره مجلس خبرگان رهبری آغاز به کار کرد. انتخابات این دوره در 19 آذر 1361 هجری خورشیدی در سراسر کشور و با شرکت 18 میلیونی مردم ایران برگزار شده بود. امام خمینی (ره) در پیامی به نمایندگان نخستین مجلس خبرگان رهبری گفتند: «... و اکنون شما‌ای فقهای شورای خبرگان و‌ای برگزیدگان ملت ستمدیده در طول تاریخ شاهنشاهی و ستمشاهی! مسوولیتی را قبول فرمودید که در رأس همه مسوولیت‌هاست و آغاز به کاری کردید که سرنوشت اسلام، ملت رنجدیده، شهید داده و داغدیده در گرو آن است. تاریخ و نسل‌های آینده درباره شما قضاوت خواهند کرد و اولیاء بزرگ خدا ناظر آراء و اعمال شما هستند. کوچک‌ترین سهل‌انگاری و مسامحه و کوچک‌ترین اعمال نظرهای شخصی و خدای نخواسته تبعیت از هواهای نفسانی که ممکن است این عمل شریف الهی را به انحراف کشاند، بزرگ‌ترین فاجعه تاریخ را به وجود خواهد آورد. اگر اسلام عزیز و جمهوری اسلامی نوپا به انحراف کشیده شود، سیلی بخورد و به شکست منتهی شود، خدای نخواسته اسلام برای قرن‌ها به طاق نسیان سپرده می‌شود و به جای آن اسلام شاهنشاهی و ملوکی جایگزین آن خواهد شد....» در اولین نشست مجلس خبرگان رهبری، آیت‌الله علی‌اکبر مشکینی به عنوان رییس، علی‌اکبر هاشمی‌رفسنجانی نایب‌رییس و آقایان مومن و طاهری خرم‌آبادی، به عنوان منشی هیات رییسه انتخاب شدند. این دوره از مجلس خبرگان سه اجلاس فوق‌العاده برگزار کرد. اجلاس اول ۱۹ آبان ۱۳۶۴ بود که در آن آیت‌الله منتظری به عنوان قائم‌مقام رهبری انتخاب شد، هرچند بعد‌ها حوادثی پیش آمد که منجر به استعفای آیت‌الله منتظری و عزل وی از قائم‌مقامی رهبری شد. دومین اجلاس در خرداد ۱۳۶۸ برای تعیین دومین رهبر جمهوری اسلامی پس از رحلت امام بود و سومین اجلاس هم در مرداد ۱۳۶۸ بعد از تصویب بازنگری قانون اساسی توسط مردم برگزار شد. تعداد جلسات رسمی این مجلس، هر سال یک جلسه و در مجموع هشت جلسه بود و چنانچه سه جلسه فوق‌العاده نیز بر آن افزوده شود، این مجلس یازده جلسه در ظرف هشت سال دوره فعالیت خود برگزار کرد. نخستین مجلس خبرگان رهبری، علاوه بر تنظیم و تصویب مقدماتی آیین‌نامه خود و تاسیس دبیرخانه‌ای دایمی در قم، چند مصوبه مهم و سرنوشت‌ساز داشت.
