از آن به عنوان یکی از شاهکارهای معماری ایران یاد می‌شود، بنایی که مجموعه‌ای از معماری دوران‌های مختلف را در نقاط مختلف خود قرار داده است و امروز گنبدهایی از قبیل نظام الملک، تاج الملک و محراب الجایتو در آن وجود دارد که هر کدام نیز متعلق به یک دوره تاریخی هستند. گفته می‌شود مسجد جامع اصفهان روی خرابه‌های مسجدی قدیمی‌تر که متعلق به قرن دوم هجری بوده ساخته شده، هرچند مسجد اولیه نیز روی خرابه‌های یک عبادتگاه مربوط به اواخر دوره ساسانی بنا شده است.
در روزهای گذشته خبری مبنی بر کشف بخشی از مسجد و محراب زیر گنبد نظام الملک منتشر شد، اما سید مهدی موسوی سرپرست پایگاه جهانی مسجد جامع اصفهان معتقد است که این محوطه از مسجد امروز پیدا نشده، بلکه قبل از انقلاب گروه کاوش ایزنو به سرپرستی «گاردینی» کاوش‌هایی از نظر تاریخ‌شناسی و معماری در مسجد جامع اصفهان انجام داده‌اند و همچنین پروفسور «شراتون» باستان‌شناسی این محوطه را به عهده داشته است. او بر این باور است طبق این باستان‌شناسی‌ها مسجد اولیه که متعلق به سال ۱۵۶ قمری است آن روزها کاوش شده است و امروز بار دیگر توسط میراث فرهنگی، این بخش که در دوره انقلاب اسلامی توسط این کاوشگران مسدود شده بود، بازگشایی شده تا هوایی بخورد و آخرین وضعیت آن نیز بررسی شود، بنابراین چیزی پیدا نشده بلکه این قسمت پس از ۴۰ سال بازگشایی شده است. سرپرست پایگاه جهانی مسجد جامع اصفهان اعلام می‌کند که محراب مکانی که در حال حاضر باز شده است ۱۸ درجه از نظر زاویه قبله با محراب‌های دیگر فرق دارد و نشان می‌دهد اولین محراب مسجد بوده است.
موسوی با گلایه از اینکه با وجود ثبت جهانی مسجد جامع اصفهان، این مسجد چندان مورد توجه نیست، از مشکلاتی که سرویس‌های بهداشتی این مسجد پیدا کرده‌اند می‌گوید. او معتقد است که باید سرویس‌های بهداشتی جابه‌جا شوند، چون نه تنها بازدید‌کنندگان و نمازگزاران از این سرویس‌ها استفاده می‌کنند، بلکه کسبه و عابران نیز از این سرویس‌ها استفاده می‌کنند، که حجم بالای استفاده‌کنندگان باعث ایجاد چالش برای مسجد شده است. سرپرست پایگاه جهانی مسجد جامع اصفهان می‌گوید: جلوخان مسجد جامع آن چنان با قوت پیش نمی‌رود و در حال حاضر « سرای خیار» در حال ساخت است که امیدواریم سرویس‌های بهداشتی در این سرا تعبیه شده و بار این موضوع از سر مسجد جامع کم شود.
