«جمعه‌شب بود و شیخ از دیدن کسی برمی‌گشت که هنگام پیاده شدن از درشکه توسط شخصی که بعد معلوم شد کریم دواتگر است به وسیله ششلولی هدف قرار گرفت. گلوله‌ها به همراهان شیخ اصابت کرد و شیخ مجروح شد ولی جان سالم به در برد. کریم که خود را گرفتار اطرافیان دید، زیر گلوی خود گلوله‌یی شلیک کرد که از گونه‌اش بیرون پرید. مجروحان را به خانه شیخ بردند و به مداوایشان پرداختند. کریم نیز مانند بقیه مجروحان بهبود یافت و به جرم این اقدام به زندان افتاد. »
این روایت احمد کسروی از واقعه ترور نافرجام شیخ فضل‌الله نوری در دی‌ماه 1287 بود. اما این پایان ماجرا نبود. در جریان مخالفت محمدعلی‌شاه با مشروطه و حمله به مجلس، شیخ که حامی مشروطه مشروعه بود و مشروطه فعلی را در تضاد با مشروعه می‌دید، با مشروطه‌خواهان مخالفت کرد.
کسروی در کتاب «تاریخ مشروطه ایران» پس از نقل جریان افتتاح مجلس شورای ملی می‌نویسد: «... چون می‌بایست نظامنامه داخلی نوشته می‌شد، کسانی از نمایندگان را برای نوشتن آن نامزد گردانیدند. در این میان قانون اساسی نیز نوشته می‌شد. » سپس راجع به نویسندگان قانون اساسی و چگونگی آن می‌نویسد: «گویا مشیرالملک و موتمن‌الملک پسران صدراعظم آن را می‌نوشتند، یا بهتر بگویم ترجمه می‌کردند...»
این مساله همان سرآغاز اختلاف و اعتراض و جدایی شیخ فضل‌الله از جریان نهضت مشروطیت و مخالفت با حکومت مشروطه است. شیخ فضل‌الله در نامه‌یی به یکی از علمای شهرستان‌ها می‌نویسد: «... آیا چه افتاده است که امروز باید دستور عدل ما از پاریس برسد و نسخه شورای ما از انگلیس بیاید؟... » شیخ فضل‌الله همان زمان در جایی گفته بود مشروطه‌یی را که از دیگ پلوی سفارت انگلیس سردرآورد، نمی‌خواهد. پس از حمله به مجلس و دستگیری نمایندگان و روزنامه‌نگاران، جنگ بین مشروطه‌خواهان و مستبدین آغاز شد که با فتح تهران توسط قوای بختیاری و مجاهدین گیلانی پایان یافت و محمدعلی شاه از سلطنت خلع و احمدمیرزا ولیعهد بر تخت سلطنت تکیه زد. به شیخ فضل‌الله پیشنهاد شد تا برای تامین جانی و مالی به سفارت روس پناهنده شود، اما وی نپذیرفت. اینچنین بود که خانه شیخ فضل‌الله نوری در روز ۸ مردادماه 1299، یعنی 109 سال پیش در چنین روزی، توسط گروهی از مشروطه‌خواهان محاصره شد. او را سه روز در کاخ گلستان در بازداشت نگاه داشتند و سرانجام در روز ۱۱ مرداد ماه پس از محاکمه‌یی کوتاه توسط شیخ ابراهیم زنجانی، شیخ فضل‌الله نوری را برای اجرای حکم اعدام به میدان توپخانه بردند و یپرم خان ارمنی که ریاست نظمیه را به عهده داشت حکم را به اجرا درآورد و شیخ به‌دار آویخته شد.
