ششم مرداد 1368 و همزمان با برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری و انتخاب هاشمی‌رفسنجانی به عنوان رییس‌جمهور، نسخه جدید قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران به همه پرسی گذاشته شد و به تصویب ملت رسید. در این همه پرسی 17میلیون تن شرکت کردند که در این میان 16 میلیون و 800 هزار تن به آن رای مثبت دادند. بدین‌ترتیب بیش از 97 درصد مردم رای موافق خود را به اصلاحات اعمال شده در قانون اساسی تازه جمهوری اسلامی ایران پس از بازنگری، اعلام کردند.
حذف مقام نخست وزیری، تغییر نام مجلس شورای ملی به مجلس شورای اسلامی، تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام، افزایش اختیارات شورای نگهبان با تایید یا رد صلاحیت نامزدهای مجلس خبرگان ازسوی شورای نگهبان، حذف شرط مرجعیت برای مقام رهبری، تغییر و بعضا افزایش اختیارات رهبری و... اصلاحاتی بود که در قانون جدید اعمال شده بود. همچنین در اصل ۵۷ قانون اساسی اولیه آمده بود: «قوای حاکم در جمهوری اسلامی ایران عبارتند از: قوه مقننه، قوه مجریه و قوه قضاییه که زیرنظر ولایت امر و امامت امت، بر طبق اصول آینده این قانون اعمال می‌گردند. این قوا مستقل از یکدیگرند و ارتباط میان آنها به وسیله رییس‌جمهور برقرار می‌گردد.» پس از اصلاح قانون اساسی این اصل به صورت زیر اصلاح شد: «قوای حاکم در جمهوری اسلامی ایران عبارتند از: قوه مقننه، قوه مجریه و قوه قضاییه که زیرنظر ولایت مطلقه امر و امامت امت بر طبق اصول آینده این قانون اعمال می‌گردند. این قوا مستقل از یکدیگرند.»
در قانون اساسی جدید تعیین فقهای شورای نگهبان، نصب عالی‌ترین مقام قضایی کشور، فرماندهی کلی نیروهای مسلح به ترتیب زیر، نصب و عزل رییس ستاد مشترک، نصب و عزل فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، تشکیل شورای‌عالی دفاع ملی، تعیین فرماندهان عالی نیروهای سه‌گانه به پیشنهاد شورای‌عالی دفاع، اعلام جنگ و صلح و بسیج نیروها به پیشنهاد شورای‌عالی دفاع، امضای حکم ریاست جمهور پس از انتخاب مردم، عزل رییس‌جمهور با در نظر گرفتن مصالح کشور پس از حکم دیوان عالی کشور به تخلف وی از وظایف قانونی یا رأی مجلس شورای ملی به عدم کفایت سیاسی او، عفو یا تخفیف مجازات محکومین در حدود موازین اسلامی، پس از پیشنهاد دیوان‌عالی کشور و... اختیاراتی بود که به عهده رهبری گذاشته شده بود.
