بیست‌و‌سوم خرداد 1359 امام خمینی(ره) فرمانی را مبنی بر تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی صادر کردند که در بخشی از این پیام آمده است:«مدتی است ضرورت انقلاب فرهنگی که امری اسلامی است و خواست ملت مسلمان بوده، اعلام شده و تاکنون اقدام موثر اساسی انجام نشده است و ملت اسلامی به خصوص دانشجویان با ایمان متعهد، نگران آن هستند و نیز نگران اخلال توطئه‌گران که هم‌اکنون گاه‌گاه آثارش نمایان می‌شود و ملت مسلمان و پایبند به اسلام خوف آن دارند که خدای نخواسته فرصت از دست برود و کار مثبتی انجام نگیرد و فرهنگ همان باشد که در طول مدت سلطه رژیم فاسد کارفرمایان بی‌فرهنگ، این مرکز مهم اساسی را در خدمت استعمارگران قرار داده بودند که از دستاوردهای دانشگاه‌ها به خوبی ظاهر می‌شود که جز معدودی متعهد و مومن که با وجود خواست دانشگاه‌ها در خدمت کشور و اسلام بودند، دیگران جز ضرر و زیان چیزی برای کشور ما بار نیاوردند...»
ستاد انقلاب فرهنگی طبق فرمان امام(ره) ملزم بود که در برخورد با مسائل دانشگاهی فعالیت‌های خود را بر چند محور متمرکز کند: ۱ـ تربیت استاد و گزینش افراد شایسته برای تدریس در دانشگاه‌ها ۲ـ گزینش دانشجو ۳ـ اسلامی کردن جو دانشگاه‌ها و تغییر برنامه‌های آموزشی دانشگاه‌ها به صورتی که محصول کار آنها در خدمت مردم قرار گیرد. بر این اساس ستاد از صاحب‌نظران مختلف دعوت به همکاری کرد و در نخستین گام گروه‌های برنامه‌‌ریزی در رشته‌های پزشکی، فنی و مهندسی، علوم پایه کشاورزی، علوم انسانی و هنر تشکیل شد. از آنجا که مدیریت دانشگاه‌ها در گذشته هماهنگ با فرهنگ اسلامی جامعه نبود باید تغییراتی در مدیریت دانشگاه‌ها به عمل می‌آمد، سازمان دانشگاه‌ها باید دگرگون می‌شد و مهم‌تر از همه محیط دانشگاه‌ها اسلامی می‌شد. برای این منظور، کمیته‌یی در ستاد با عنوان «کمیته اسلامی کردن دانشگاه‌ها» تشکیل شد. با توجه به ناهماهنگی ضوابط و مقررات حاکم بر دانشگاه‌ها با شرایط انقلابی جامعه، قسمت اعظم فعالیت‌های ستاد بر اسلامی کردن دانشگاه‌ها و تعیین ضوابط و مقرراتی منطبق با موازین اسلامی متمرکز شد.
تعطیلی دانشگاه‌ها برای انقلاب فرهنگی به مدت 30ماه ادامه یافت و بعد از آن، ستاد انقلاب فرهنگی با افزوده شدن افراد دیگری به آن با عنوان شورای عالی انقلاب فرهنگی ادامه کار داد.
