فروردین ۱۳۳۶ که علاء از نخست‌وزیری برکنار و حکم نخست‌وزیری منوچهر اقبال صادر شد، باید روزهای سخت پیش‌رو را پیش‌بینی می‌کرد. پزشک سیاستمداری که به واسطه درمان رضاخان به دربار او نزدیک شده بود، حالا دیگر نفر دوم کشوری شده بود که استبداد دست از دامانش برنمی‌داشت. کابینه اقبال طولانی‌ترین دولت بعد از شهریور ۱۳۲۰ بود و سه سال و نیم به طول انجامید. او حکومت نظامی را لغو کرد و به جای آن «سازمان اطلاعات و امنیت کشور (ساواک)» را تشکیل داد. او تشکیل این سازمان را از افتخارات خود می‌دانست و در مورد آن گفت: امنیت چنان برقرار است که نیازی به حکومت نظامی نیست. اقدام دیگر او انعقاد قراردادی با شرکت نفت ایتالیایی به نسبت ۲۵ به ۷۵ به سود ایران بود که تبلیغات زیادی را برای رژیم فراهم آورد. از دیگر اقدامات اقبال در این دوره می‌توان به ایجاد سازمان بازرسی شاهنشاهی، اخذ چندین وام از دولت امریکا، انتقال اختیارات سازمان برنامه و بودجه به رییس دولت و تصویب قانون رسیدگی به اموال کارمندان دولت اشاره کرد.
انتخابات دوره بیستم مجلس شورای ملی مقدمات سقوط دولت اقبال را فراهم کرد. تقلب آشکار در انتخابات فضای کشور را متشنج کرد و در نهایت شاه مجبور به برکناری اقبال شد. او پس از آن ریاست دانشگاه تهران را به عهده گرفت. اما فضای دانشگاه برای پذیرش او در دانشگاه نیز مهیا نبود. ششم اسفند 1339، به‌دنبال حمله گروهی از دانشجویان دانشگاه تهران به اتومبیل منوچهر اقبال رییس دانشگاه، این دانشگاه تعطیل شد.
در تظاهرات آن روز، خودرو اقبال به آتش کشیده شد. پس از این، اقبال عازم لندن شد و سپس در سال ۱۳۴۲ در بازگشت به ایران در سمت مدیرعامل شرکت ملی نفت ایران منصوب شد و تا پایان حیاتش در این سمت باقی ماند. او چهارم آذر 1356 قبل از زبانه کشیدن شعله‌های انقلاب بر اثر سکته قلبی در 68سالگی جان سپرد.
