سازمان برنامه و بودجه در سال ۱۳۲۷ برای نخستینبار با تصویب برنامه هفتساله عمرانی اول با نام سازمان برنامه پایهگذاری شد. سازمان مدیریت و برنامهریزی از ادغام دو سازمان با عناوین، سازمان امور اداری و استخدامی کشور و سازمان برنامه و بودجه مطابق مصوبه ۱۶اسفند ۱۳۷۸ شورای عالی اداری، تاسیس و در ۱۷تیر ۱۳۷۹ نمودار تشکیلاتی آن تصویب و به اجرا در آمد. پس از انحلال این سازمان در سال ۱۳۸۶ به دستور احمدینژاد معاونت برنامهریزی و نظارت راهبردی تاسیس شد و بخشی از وظایف آن را برعهده گرفت. باتوجه به مشکلاتی که بر اثر انحلال این سازمان در دوران دولت نهم و دهم رخ داد، با انتخاب حسن روحانی بهعنوان رییسجمهور ایران، وی در نخستین نشست خبری خود اعلام کرد که سازمان را احیا میکند. در روز ۲۸خرداد (سه روز پس از انتخاب روحانی بهعنوان ریاستجمهوری)، مجلس شورای اسلامی ایران یک فوریت احیای سازمان مدیریت را تصویب کرد. اکنون نیز با دستور روحانی سازمان مدیریت و برنامهریزی احیا شده است.