مشکل اساسی مدیریت منابع طبیعی ایران در حال حاضر فقدان جامع‌نگری است. در بحث مدیریت منابع طبیعی که بهتر است به جای مدیریت از واژه حکمرانی استفاده کنیم، نباید فراموش کرد که جز عامل طبیعی با یک مولفه اجتماعی نیز مواجه‌ایم. به همین خاطر جزیره‌یی و بخشی نگاه کردن مشکلی است که منابع طبیعی کشور به‌شدت از آن رنج می‌برد. ایجاد نگاه حکمرانی در بخش منابع طبیعی نیازمند تغییر در دو عرصه ساختار و محتواست که این امر به نوبه خود ادغام و یکپارچه‌سازی مدیریت را طلب می‌کند. در شرایط کنونی نمی‌توان برای حل معضل هدررفت منابع آبی، کاهش ذخیره‌های جنگلی و در کل منابع طبیعی چاره‌اندیشی کرد بدون آنکه به فکر معیشت و زندگی انسان‌ها نباشیم و برای فقر اقتصادی و محرومیت اجتماعی علی‌الخصوص جوامع محلی چاره‌یی نیندیشیم. از این گذشته رویکرد مدیریت مشارکتی که ملازم بحث توسعه پایدار و همه‌جانبه است، نیازمند توانمندسازی توامان سه جزو دولت، جامعه و سازمان‌های مردم‌نهاد یا همان NGOهاست. این مدیریت مشارکتی زمینه‌ساز شکلی از مشارکت اجتماعی می‌شود که در آن منافع تمام ذی‌نفعان از جمله دستگاه‌های دولتی و جوامع محلی لحاظ می‌شود. برای تحقق این مهم ما
نیازمند تصویرسازی مشترک هستیم. مادامی که این تصویرسازی مشترک از چالش‌ها و مشکلات منابع طبیعی ایجاد نشود، امکان گذار از بخشی و جزیره‌یی نگاه کردن و حرکت به سوی جامع‌نگری محقق نمی‌شود.
از دیگر سو ایجاد مشارکت اجتماعی به نوبه خود نیازمند همکاری و یادگیری است که می‌توان از طریق برگزاری کارگاه‌های آموزشی میسر شود. منظور از توانمندسازی دولت، ایجاد تشکیلات قدرتمند و توانمند است که بتوانند در مشارکت و همکاری تنگاتنگ با هم امور را پیش ببرند. در حال حاضر یکی از مشکلات ما در بحث مدیریت منابع طبیعی فقدان فرهنگ مشارکت و کارگروهی در میان سازمان‌ها و دستگاه‌های دولتی است، به‌طوری که دستگاه‌های و نهادهای مرتبط با مدیریت منابع طبیعی از تدوین یک سند آب عاجزند از دیگر سو در بحث منابع طبیعی که در برخی مناطق با معیشت ساکنان محلی گره خورده است، نمی‌توان به صورت دستوری و قهری عمل کرد بلکه نیازمند تعامل و تشویق است. به عنوان مثال در بحث حفر چاه‌های غیرمجاز که یکی از عوامل موثر در تحلیل منابع آبی زیرزمینی کشور محسوب می‌شود، نمی‌توان به برخوردی قهری صرفا حکم به بستن این چاه‌ها کرد بلکه باید از طریق توانمندسازی و ارائه مشوق‌های اقتصادی، ذی‌نفعان را با یک خودآگاهی به بستن این چاه‌ها ترغیب کرد. یکی دیگر از معضلات کنونی ما در بحث منابع طبیعی، عدم تغییر قوانین و فقدان سازگاری است در حالی که بحث حکمرانی منابع یک امر
پویا بوده که نیازمند تغییر است زیرا که طبیعت مدام در حال تغییر و دگرگونی است لذا سیاست‌ها نیز به دنبال آن باید تغییر نمایند.
نظام تصمیم‌گیرنده ما باید تغییر کند و نباید به‌صورت ایستایی عمل کند. طبیعت تغییر می‌کند اما سیستم و نظام تصمیم‌گیرنده و سیاستگذار تغییر نمی‌کند. پنجاه سال از زمان تصویب قانون منابع طبیعی در ایران می‌گذرد اما این قانون طی این پنجاه سال عوض نشده است. مساله سازگار شدن نیازمند تغییر و دگرگونی است. علاوه بر این باید پذیرای دانش جدید باشیم و این دانش جدید را در تصمیم‌گیری‌ها و سیاستگذاری‌های خود دخیل کنیم. به عنوان مثال اگر وزارت نیرو به دنبال تصمیم‌گیری در حوزه آب است، بهتر است دانش مرتبط با آبخیزداری را در سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری نیز در تدوین برنامه جامع آب لحاظ کند. مشکلات حال حاضر ما در خصوص تصمیم‌گیری و سیاستگذاری‌های ناکارآمد، فقدان همین یکپارچگی و همدلی و همزبانی است.
